1、功能不同
病原体指可造成人或动植物感染疾病的微生物、寄生虫或其他媒介。
抗原是指能引起抗体生成的物质。它为任何可诱发免疫反应的物质。外来分子可经过B细胞上免疫球蛋白的辨识或经抗原呈现细胞的处理并与主要组织相容性复合体结合成复合物再活化T细胞，引发连续的免疫反应。
2、作用不同
病原体是因为特异性的免疫力的问题，大多是因为淋巴细胞对于的抗原的问题，抗体是需要注意避免引起的抗原的袭击，抗体也是比较容易产生的。
主要是属于记忆细胞的情况，抗原主要是在于和淋巴细胞进行的免疫反应引起的任何的物质反应，之后就是出现的抗原情况，主要是避免产生的过敏症状。
3、种别不同
病原体一定是生物，而抗原既可是非生物，也可是生物。
扩展资料：
抗原结构特点：
1、异种物质
从生物进化过程来看，异种动物间的血缘关系越远，则免疫原性越强。如马的血清和各种微生物与人的血缘关系远，所以免疫原性强。而马的血清与驴、骡的血缘关系近，所以免疫原性相对就弱。
2、同种异体物质
如人的红细胞抗原物质和人的白细胞抗原等。
3、自身物质
自身物质一般不具免疫原性。有些物质如隐蔽的自身成分，在正常情况下与免疫系统是隔绝的。但是一旦屏障遭到破坏，这些物质进入血流，即可与免疫活性细胞接触而成为自身抗原异物。
参考资料来源：
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