1959年1月铁道部公布《1960—1967年铁路高校专业（全日制）学校发展规划草案》。4月铁道部在成都召开全路高等学校及中等专业学校教育工作会议，会议传达贯彻中共中央教育工作会议关于“整顿、巩固、提高”的工作方针，在总结1958年工作的基础上，提出1959年的工作任务和目标，着重讨论了关于加强学校统一管理、调整新建高等学校以及提高教育质量的措施等问题，确定了6条整顿的原则和具体方案，提出每省1所大学的布局；会议讨论了铁道部《关于加强全日制高等学校和中等专业学校统一管理问题的若干规定（草案）》、《关于整顿1958年新建高等学校意见》等文件。6月铁道部发文规范铁路高校校名和学制。规定：铁道部直属高校，均以“铁道学院”命名，并冠以该院校所在地名；各局、院、厂所属高等学校，均以“铁路学院”命名，并冠以该院校所在地名；铁道部直属高校本科为五年，其他的为四年，专科为三年或两年。1959年6月铁道部在全路高等学校内确定3所重点学校，为唐山铁道学院、北京铁道学院、兰州铁道学院。
1961年3月铁道部在衡阳召开铁路高等和中等专业教育工作会议。会议讨论了贯彻中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针问题，具体研究了：关于铁路高等学校及中等专业学校进行调整“四定”的初步方案；关于铁路高等学校及中等专业学校进行充实提高的初步方案；铁道部《关于设置全路重点高等学校和重点中等专业学校的决定（草案）》；《关于铁路高等学校及中等专业学校机构编制的暂行规定（草案）》；铁路高等及中等专业学校专业目录。4月铁道部确定5所全路重点高等院校：北京铁道学院、唐山铁道学院、兰州铁道学院、长沙铁道学院、南京铁道医学院。
1961年5月11日铁道部下发《铁路高等及中等专业学校调整“四定”的初步方案》经衡阳会议确定，铁路高等学校由 1960年末的57所(工科39所、医科11所、师范7所)，调整为25所(工科18所、医科5所、师范2所)；铁路中等专业学校由1960年末的109所(工科58所、医科41所、师范10所)，调整为71所（工科40所、医科26所、师范5所)。
1961年8月21日至31日铁道部在哈尔滨召开全路教育工作会议，贯彻7月3日至15日教育部召开的全国高等学校及中等专业学校调整工作会议关于“缩短战线、压缩规模、合理布局、提高质量"的精神。再次讨论研究铁路高等学校、中等专业学校及技工学校调整方案。会议讨论研究了：①《铁路文化教育工作条例)共6章48条；②《关于铁路高等、中等专业学校和技工学校调整和“四定”的意见)；③《铁路高等学校“四定”方案(草案》及各专业人数分配表；《铁路中等专业学校“四定"方案(草案))及专业人数分配表；《铁路技工学校“四定"方案(草案)》。对3月衡阳会议确定的铁路高等学校、中等专业学校调整方案进行再次调整，铁路高等学校由25所调整为19所(工科14所、医科5所)，铁路中等专业学校由71所调整为51所(工科35所、医科16所)，铁路技工学校由58所调整为46所。
1961年11月5日铁道部报送教育部《关于铁路高等及中等专业学校进一步调整方案及1962年招生计划意见》，决定铁路高等学校由8月哈尔滨会议确定保留的19所，再次调整为保留11所(北京、唐山、兰州、长沙、大连、上海、哈尔滨铁道学院，北京、南京、上海、大连铁道医学院)；铁路中等专业学校由确定保留的51所(后来又调整为46所)，再次调整为保留39所(到1962年初又将保留中专学校增加到42所)。