清廷入关后，需要对付李自成起义的力量和
南明政府的反抗，明朝的降官是可以借助的力量。但20年后，南方驻云南的
吴三桂、驻广东的尚可喜、驻福建的耿精忠等藩王已经形成很大的势力，与清廷分庭抗礼。其中吴三桂势力最大，不仅在经济上是中央政府沉重的负担，而且威胁到清政权。康熙十二年（1673年）春，
康熙皇帝作出撤藩的决定。吴三桂首先于这年11月杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，将矛头指向朝廷。吴三桂军由云、贵而开进湖南，几乎占据湖南全省。进而进犯四川，四川官员纷纷投降。福建、广东、广西、、陕西、湖北、河南等地都有藩王或将领响应。
吴三桂在湖南沿江布置防御工事，不敢再向北发展，
康熙帝抓住机会调整战略、安排兵力。他首先坚决打击吴三桂，而对其他的叛变者却实行招抚，通过分化反叛力量而孤立吴三桂。军事上仅以湖南为进攻的重点，同时能够充分信任汉将，这样就鼓舞了朝廷军队的士气，同时也争取了民心。在耿精忠、尚之信归顺清廷之后，吴三桂于康熙十七年（1678年）在
衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。其实这时的吴三桂已到了穷途末路。他积郁而死后，将所谓的“帝位”传给孙子吴世藩。康熙二十年（1681年）冬，清军进入云贵省城，吴世藩自杀，历时8年的三藩之乱被平定。平定三藩，对于清廷来说，是真正完成统一、确立稳定的皇朝统治的标志，为“康乾盛世”创造了条件。