因为蔡元培竭力反对官僚教育专制，所以辞去了校长职务。1919年6月15日，蔡元培公开发表了《不愿再任北京大学校长的宣言》，向当局和社会亮明了他辞职的主要原因：
（一）我绝对不能再做那政府任命的校长：为了北京大学校长是简任职，是半官僚性质，便生出许多官僚的关系，我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？
（二）我绝对不能再做不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名的专制国家，他的大学何等自由。那美、法等国更不必说了。北京大学向来受旧思想的束缚，是很不自由的。
我进去了，想稍开点风气，哪知道旧的一方面，看了这点半新，就算“洪水猛兽”一样了，又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充当这种大学的校长么？
（三）我绝对不能再到北京的学校任校长。北京是个臭虫窠。无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到就都染了点臭虫的气味，我已经染了两年有半了，难道还要我再做逐臭之夫，再去尝尝这气味么？
人物介绍：
蔡元培于1917年12月从法国归来，出任北京大学校长仅仅一年有余，在他力倡科学与民主、实行囊括大典，兼容并包和教授治校的方针下，北京大学一改过去传统陋习，校园风气面貌发生了很大变化，并迅速成为了中国新文化的中心，也由此成为中国五四运动的策源地。
在担任北大校长的一年多时间里，蔡元培的确干了许多实际事情，为北大做出了前所未有的贡献，以至于因此为后人所深深地怀念。
至于五四运动期间他亲自出面与军阀当局交涉把被抓学生全部保释出来，费了多少周折和口舌，又采取了哪样的方式方法，因他从未向外界表露过，人们自然不得而知。今天的人们所知道的也仅为他在《启事》中所说的我倦矣、 我欲小休矣而已。