分公司和总公司如果是独立核算的，那么相当于两家企业，各自财务处理。
分公司如果是非独立核算的，就会合并在总公司一起帐务处理。
税务上如果独立核算的，那么两家企业属关联企业，在所得税清交时要吉算清相互间的那本费用帐，亲兄弟要明算帐。
如果帐务处理不准确，国税有权按公允价格对企业的帐务进行调整，从而调整应纳税所得额。
拓展资料：
根据《增值税暂行条例实施细则》第四条第六款规定：将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户，应该视同销售。
因此，股东以非货币性资产投资入股，需按照适用税率缴纳增值税。
特殊情形
根据《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）：
纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式。
将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
契税
根据《中华人民共和国契税暂行条例细则》（财法字[1997]52号）第八条：土地、房屋权属以下列方式转移的，视同土地使用权转让、房屋买卖或者房屋赠与征税：（一）以土地、房屋权属作价投资、入股。
根据《中华人民共和国契税暂行条例》（国务院令国务院令224号）第三条：契税税率为3—5％。契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。
所得税
（一）企业法人
根据《关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号）第二条：企业以非货币性资产对外投资，应对非货币性资产进行评估并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额，计算确认非货币性资产转让所得。
（二）自然人
根据《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税[2015]41号）：
一、个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。
二、个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。
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