目前，教育部将和科技部合并只是民间一些人的呼声或建议，还没有合并。
提出两个机构合并者认为，科学技术与教育的紧密联系，但现行的体制却是科学技术与教育相分离，存在“两张皮”的现象。而且，就政府部门设置来说，有负责自然科学、工程技术方面的科学技术部，却没有负责人文社会科学的政府机构。合并后有利于统一管理教育、科学技术、社会科学事业，可以从一个更高的层面来落实“科教兴国”战略。
此外，借鉴国外，韩国机构精简时科技部与教育部合并为教育科学技术部。
事实上，科技部教育部一直在探索建立两部会商机制。我国实施“科教兴国”战略，建设创新型国家，国务院成立了科教领导小组，成员也包括科学技术部、教育部、发展与改革委员会、财政部等。