脚趾甲长到肉里很疼，并且出现化脓，考虑为细菌感染导致的甲沟炎，临床上的治疗方式通常包括保守治疗和手术治疗两种方式。
保守治疗以用药为主，如果脓肿形成而且保守治疗失败则需要进行手术治疗：
1、保守治疗：如果脓液比较少且疼痛的范围比较小，可以清洁后以碘伏涂抹，再外用鱼石脂软膏、黄金散等中成药，或莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等抗生素药膏，同时口服或肌注抗生素进行抗感染治疗，通常2-3天即可产生一定的治疗效果；
2、手术治疗：如果脓肿范围较大或者保守治疗不能缓解，则需要进行手术切开引流。需要拔除一部分甚至整片趾甲且充分引流脓液，定期换药预防术后再次感染。如果是慢性的甲沟炎反复发作，则需要手术切除反复感染的趾甲及周围组织。
单纯的甲沟炎患者日常应做好脚部护理，保持清洁、干燥，避免使用趾甲化妆品，一般不会复发。如患有嵌甲，即脚趾甲容易长到肉里的患者容易反复发作甲沟炎，平时要更加注意正确修剪趾甲，并且要穿适脚的鞋。