元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，不同种元素最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，所以氢原子和氧原子的本质区别是质子数不同．
A、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢原子和氧原子的本质区别是质子数不同，不是最外层电子数不同，故选项错误．
B、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢原子和氧原子的本质区别是质子数（即核电荷数）不同，故选项正确．
C、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢原子和氧原子的本质区别是质子数不同，不是相对原子质量不同，故选项错误．
D、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢原子和氧原子的本质区别是质子数不同，不是电子数不同，故选项错误．
故选：B．
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