启德机场客运大楼周边是九龙城的高密度住宅区及山岭启德机场的地理环境特殊，飞机升降并不容易，但发生的严重意外并不多。除了因为机场管理的意外，也可能是因为机师都视在启德升降为特别的挑战而加倍留心。航空公司对在香港起降的航班机师要求也特别严格，通常只会交由有足够经验的机师来担任。部分航空公司更会要求机师先进行模拟飞行训练以熟习启德的环境。 以下简述启德机场比较严重的意外事故：
1941年9月21日，中国航空公司一架DC-2降落启德时冲出机场外的西贡道并撞毁一幢民房，机身严重损坏但无人死亡。
1946年9月25日，一架准备前往越南西贡（今胡志明市）的英国皇家空军C-47运输机在恶劣天气下，由旧31跑道往狮子山方向起飞后于九龙塘坠毁，19人死亡。
1949年7月11日，前香港航空公司一架前往广州的DC-3在启德起飞时机件故障，无人死亡。
1951年3月11日，一架太平洋海外航空（PacificOverseasAirlines）的C-54飞机于机场起飞后撞向毕架山，26人死亡。事件因能见度低及机师出错而起。
1951年4月9日，暹罗航空一架DC-3因机师出错及天气恶劣，在着陆前失控冲落海中，16人死亡。
1953年7月27日，皇家空军一架自新加坡出发的赫士廷斯式（Hastings）运输机，降落启德旧13跑道时过早着地，飞机撞毁跑道头的莆岗民房。一名村民当场撞死，飞机铲进跑道后着火，全机40人生还。
1958年8月31日，美国空军一架自冲绳抵达香港的C-54军机，降落旧31号跑道时撞毁旧13/31跑道与07/25跑道的交汇处，无人伤亡。飞机残骸阻碍飞机升降，当局需提早启用原定于翌日开放的新13/31跑道。
1965年8月24日，一架美国海军陆战队的洛克希德C-130大力士型运输机，从13跑道起飞后失控冲入海港沉没。事件造成59人死亡，是启德机场最严重的意外。
1967年6月30日，泰国国际航空601号班机的一架SudAviationSE210客机在台风吹袭期间降落，最后滑出跑道堕海，造成14死56伤。事件归因于天气及人为错误。
1967年11月5日，国泰航空033号班机(康维尔CV-880喷射机)起飞失败，冲出跑道堕海，1死40伤。
1977年9月2日，一架前往泰国曼谷的英国环子午线航空（TransmeridianAirCargo）CL-44货机(航班编号3751)起飞后不久引擎着火，在横澜岛对开海面坠毁，机上4名机员无一生还。
1983年10月18日，一架德国汉莎航空波音747货机起飞时发动机故障，放弃起飞后冲出跑道草坪，起落架断裂并撞毁引擎，3名机员无恙。航机最终在香港飞机工程公司重修后成功复飞。
1988年8月31日，中国民航301号班机的一架三叉戟客机于31跑道降落时触及跑道进场灯，之后冲出跑道滑进海里，7死14伤。当时天气恶劣，有雾、有雨。
1993年11月4日，一架中华航空605号班机波音747-400客机，在台风中降落时冲出13跑道。当时阵风达到烈风程度。飞机当时未能稳定下降，但机长仍然坚持继续着陆而不选择重飞。最后飞机于超过跑道三分之二处着陆时，未能停定后便冲入海中，造成23人受伤。
1994年9月23日，一架香港政府租用作遣返越南船民的印尼佩利塔航空（PelitaAirService）洛克希德L-100-30大力士型运输机完成任务后回港，再返回雅加达，岂料在13跑道起飞时，因滑门控制折断，失控坠海，造成6死6伤。
1995年5月11日，一架国泰航空班机因机件故障紧急降落启德。
