绩效考核是企业常用的管理方法，通常由公司人事管理制度群中的工资制度规定，工资制度是企业的基本管理制度。任何企业内部管理制度都需符合以下条件才具有合法性：
1.经民主程序制订：制订过程中有职工代表参与，有职工代表参与讨论和投票的记录。
2.经签发并明确告知职工：规章制度必须经总经理或其授权人签发，并向职工公布，组织职工学习，以示职工了解这些制度，有签发和职工学习的记录。
3.有明确的执行证据：依据制度对职工进行处罚时要有明确的证据，依规定的程序进行。
要弄清楚这个问题违不违法，合不合理，就得弄清楚绩效工资和基础工资的概念，更应弄清楚扣的是绩效工资还是基础（本）工资。
绩效工资不是员工（职工）的基础（本）工资。
单位工资一般分为两大块，第一块叫基本工资，这块工资由基础工作，加出勤奖、工龄工资，级别（职称）工资、文凭工资、和其它项目的补助工资。这块工资一般只要工作达到“合格”级别，就能领基本工资的全额。
绩效工资是基本工资外的激励性工资，同奖励性工资相同，是工作完成后给了的额外奖励。比如说完成基本工作任务后，每增一个得分点，可给员工发放多少绩效工资。
我们国家的事业单位一般为单位评秀来决定绩效工资的发放。
绩效考核惩罚不能扣基本工资，应该扣绩效工资。当一个职工在平时考核时有违反规定的行为成不合格应扣除的应是绩效工资。
如果单位用绩效考核之名，扣除员工的基本工资，这是违法违规行为。
如果单位绩效考核扣除的是绩效工资，这是无话可说的，是合法的。
后话：
《中华人民共和国劳动合同法》规定，用人单位可与劳动者签订工资支付方式，工资标准，奖怎机制等方面的劳动合同，劳动者违反规定可进行惩罚，但无论怎样惩罚，发到每个员工手里的工资，都不能比当地规定的最低工资水平低。
克扣工资是违反劳动法的。提供劳动关系有效证据，申请劳动仲裁。【法律依据】《劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金： （一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的； （二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的； （三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。 经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
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