区别如下：
1、公司有保管档案的资格，开的是商调函。
2、人社局下属的人才市场调档案开的是调档函。
3、平级单位调动档案是调档函，下级单位向上级单位调动档案是商调函。
4、格式不一样，只有国家事业单位之间调动才用调档函，如果是企业或人才市场之间一般用商调函。
5、身份不同。有干部身份的开商调函，没有干部身份的开调档函。
商调函简介：
商调函是指没有隶属关系的地区、部门或国有单位之间为了人才流动而互致的公文。
调档函简介：
1、调档函是人事工作术语，产生于高度计划体制下的人事管理制度。
2、在高度计划体制下，人力资源的流动有严格的手续。
3、调档函便是这诸多严格手续中的一道，是调入单位向拟调入人当前所在单位发出的调阅拟调入人个人人事档案的函件。 此制度与术语在当前国家机关与事业单位间仍然沿用。
法律依据
《企业职工档案管理工作规定》第十八条
企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退等，应由职工所在单位在一个月内将其档案转交其新的工作单位或其户口所在地的街道劳动(组织人事)部门。职工被劳教、劳改，原所在单位今后还准备录用的，其档案由原所在单位保管。
《企业职工档案管理工作规定》第十九条
转递档案应遵守下列规定:
(一)通过机要交通或派专人送取，不准邮寄或交本人自带。
(二)对转出的档案，必须按统一规定的"企业职工档案转递通知单"(见附件二)的项目登记，并密封包装。
(三)对转出的材料，不得扣留或分批转出。
(四)接收单位收到档案经核对无误后，应在回执上签名盖章，并将回执立即退回。逾期一个月转出单位未收到回执应及时催问，以防丢失。