有影响。总公司对 分公司 有 连带责任 ，不管 债权债务 ，还是工商税务。分公司不去注销税务，不能如期申报，分公司就会上税务的黑名单，分公司对税务的罚款、处罚不处理，就会连带总公司上黑名单，导致总公司开票、报税都会出现问题。分公司不具有法人资格，其 民事责任 由公司承担。
《中华人民共和国民法典》第七十四条??法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》第七十八条被执行人为企业法人的分支机构不能清偿债务时，可以裁定企业法人为被执行人。企业法人直接经营管理的财产仍不能清偿债务的，人民法院可以裁定执行该企业法人其他分支机构的财产。若必须执行已被承包或租赁的企业法人分支机构的财产时，对承包人或承租人投入及应得的收益应依法保护。