济南市长清区粮食局的内设机构根据其职责划分，设置了五个核心科室，旨在高效运作和保障粮食安全。以下是各个科室的主要职能：
办公室：负责全局的行政管理工作，包括文秘、信息、档案、机要、保密、政务公开、信访、督查、接待、会务以及综合性文件起草。此外，它还处理人大代表建议和政协委员提案，以及应急综合协调任务。
组织人事科：专注于党的建设、精神文明建设，包括组织、宣传、人事、劳动、共青团事务，以及党员干部培训、人员招录、调动、奖惩、安置等工作。负责人事档案管理和退休干部管理，以及全系统离休干部的医疗保障。
综合业务科：主要负责全区粮食的产需平衡与收支计划，包括购销调存计划和粮食储备粮计划。该科与工商、物价部门合作，管理粮油价格和交易市场，严格执行《粮油仓储管理办法》，确保粮食储备安全。
市场督查科：根据国家法律法规，进行粮食流通市场的监督和检查，执行粮食行政执法，维护市场秩序。同时，负责行政应诉，审查粮食收购资格，进行社会粮食流通统计，确保法律法规和规章制度的执行。
财务审计科：负责财务管理、会计制度的实施，管理财政资金和政策性财务挂账，负责罚没款的收缴和管理，编制财务计划和会计决算，以及对局属单位进行审计。