2005年9月16日，华源集团遭遇转折，因贷款逾期引发诉讼，涉及金额12.29亿元。上海二中院冻结了集团存款和股权，华源旗下上市股权相继冻结。上海市国资委曾提出重组方案，试图将华源转为地方国资委下属企业，但未获国务院国资委批准。
2005年11月，重组重任落到了中国诚通控股公司肩上，计划借助50亿元贷款重组。然而，诚通实力有限，未能持久。2006年春节后，华润集团接手重组，凭借其庞大的资产规模和与华源业务的匹配性，成为重组的有力人选。
2006年2月，华源集团同意华润控股70%股份的重组方案，随后，华源集团的股权经历了多次转让，最终在2006年11月，重组结果正式公告，涉及多家上市公司。华润集团通过收购北京医药集团，进一步强化了医药板块。2007年，华源集团债务重组和扭亏增盈成为工作重点，华润提出整合医药平台、纺织产业和退出非主营业务等策略。
在管理层变动方面，华润集团引入双总裁制，华润和华源的人员共同管理，同时强化团队建设与诚信文化。华源集团的战略重组计划在2007年全面展开，为集团的未来发展奠定了基础。
中国华源集团有限公司(英文简称 CWGC)是经国务院批准，于1992年7月在上海浦东新区成立的国有控股有限责任公司，是直属国务院国资委监管的重要骨干企业之一，2007年重组入华润（集团）有限公司。 拥有全资和控股子公司11家，以及华源股份、华源发展、华源制药、上海医药和双鹤药业等一批上市公司，是中国最大的医药企业集团和纺织企业集团。