法律分析：公司个人所得税汇算清缴在任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。
法律依据：《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》一、取得综合所得需要办理汇算清缴的纳税申报
取得综合所得且符合下列情形之一的纳税人，应当依法办理汇算清缴：
（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元；
（二）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；
（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；
（四）纳税人申请退税。
需要办理汇算清缴的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；纳税人没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理纳税申报。
纳税人办理综合所得汇算清缴，应当准备与收入、专项扣除、专项附加扣除、依法确定的其他扣除、捐赠、享受税收优惠等相关的资料，并按规定留存备查或报送。
纳税人取得综合所得办理汇算清缴的具体办法，另行公告。