引起水产养殖疾病的外界因素很多，基本上可以概括为生物、理化和人为三大因素。生物因素：主要有细菌、病毒、真菌、寄生虫病原体和敌害生物等；理化因素：水温、溶解氧、酸碱度等化学成分和有毒有害物质；人为因素包括：放养密度不恰当、混养比例不恰当、饲养管理不善、技术操作不细致等。内在因素：疾病的发生都有一定的原因和条件，内因是关键。水生动物对病原的敏感性强弱与其自身的遗传性质和免疫力有关，而生理状态、营养条件、生活环境等也都能影响水生动物对病原的敏感性。
水产养殖疾病主要有：细菌性败血症、烂鳃病、肠炎病最为典型，覆盖面广；另外，寄生虫病（主要种类为车轮虫、指环虫、三代虫、锚头鰠等）危害也日趋严重。损失最为严重的草鱼，以草鱼出血病、烂鳃病、肠炎病、赤皮病等4种疾病造成的病害损失最大。海水养殖鱼类主要有大黄鱼、美国红鱼、石斑鱼、大菱鲆、牙鲆和鲷鱼，病害主要为孤菌病、纤毛虫病等。
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