有机肥的作用
一、提高土壤有机质含量。
经常施用有机肥能明显提高土壤有机质含量，有利于维持土壤有机质的稳定，改善土壤的理化性状。
二、促进土壤团粒结构的形成。
土壤有机质、碳酸钙和多糖类物质对土壤结构的稳定性有良好作用。施用有机肥比施用厩肥更能增加土壤有机质的含量，尤其是能产生较多的五碳糖、六碳糖和多糖。这特别有利于水稳性团粒的形成，如使大于0.25mm的水稳性团粒明显增加。
三、提供养分。
有机肥中含有作物需要的各种养分，有机肥的使用能明显提高耕层土壤中养分，尤其是钾的含量。1995年农业部对全国12个省份耕地的调查，耕地中磷含量较之1990年以前有所增加，而缺钾和缺微量元素的耕地面积却有所扩大，因此大力提倡秸秆还田有利于部分归还土壤钾素。
四、调节土壤的氮素供应。
微生物在分解C/N大的秸秆初期，要从土壤中吸收氮素组成自身的体细胞，导致土壤氮素的生物固定，起到了暂时保存氮素的作用。当微生物死亡后，这部分氮又分解释放。此外，有机肥的施用增加了土壤中的能源物质，也有利于生物固氮，有机肥料中的有机质含量可达30%左右，相关资料显示，每氧化1.0g碳素释放的能量，可供固氮微生物固定10~40mg氮素的需要。
五、提高土壤微生物和土壤酶的活性。
施用有机肥后微生物的数量明显增加，距离施有机肥处近的土壤尤为明显，这对加速有机态养分的释放，活化土壤中的养分有良好的作用。此外，有机肥还能减少某些作物的病害。
有机肥在农业生产中施用所显示的优点还包括：
1、营养平衡，促进作物生长，增产明显，肥效高；
2、改善农产品品质；
3、抑制病原菌，减轻病虫害；
4、疏松、改良土壤，减少土壤中硝酸盐的污染；
5、增加作物对水分的吸收、增强作物抗旱及抗倒伏能力；
有机肥料又称农家肥料，是我国农业生产中的一项重要肥料，也是传统农业的物质基础。它在提供养分，维持地力和保护生态环境方面有着特殊的作用，尤其在改善作物品质，培肥地力等方面是化肥无法代替的。
此外，对于药用植物而言，以施有机肥为主。我国每年有机肥的总量达18亿～24亿t，其中氮、磷、钾养分含量约有1500万～2000万t，占肥料总养分的40%左右，其中农业中的钾素供应，约有70%依靠有机钾源。因此，有机肥在农业生产中占有重要地位。有机肥料包括人畜粪尿，作物秸秆、绿肥、垃圾等物质。
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二、减少土壤养分固定，提高化肥肥效：有机肥减少养分固定，提高化肥肥效的主要机制是有机肥的“螯合”。所谓“螯合”是在有机肥中腐殖酸与土壤中的无机盐形成配体，使它们牢固地结合在一起。减少营养元素与土壤的化学反应，提高肥料的有效性，提高化肥的利用率。避免化学损失和污染，提高农产品质量。在有机肥料的分解过程中，各种有机酸和碳酸能促进土壤中难溶性磷酸盐的转化，提高磷的有效性。在有机肥料中大部分处于有机状态的营养物被微生物分解并转化为被作物吸收的无机状态，这种过程缓慢，逐步转化释放养分。所以有机肥不仅当年有效，而且时间更长后劲稳定。
三、增加土壤微生物数量，提供所需能量：有机肥不仅是农作物的食物，也是土壤微生物的食物。有机肥中含有大量的微生物，大部分依赖于已有的有机质维系生命，土壤富含有机质，使微生物的旺盛活动。在微生物代谢的过程中，释放出大量的酶，产生一种黑色或褐色的腐殖质，可以持续稳定地供给。微生物的能量为微生物创造了良好的生存环境。
四、改良土壤的物理性质：腐殖质是一种胶体物质，是具有水稳性的主要物质。改善土壤水分和肥力，使其变得疏松，并利用耕作和排水以延长土壤的适宜耕作期。腐殖质还能使土壤颜色变暗，在吸热升温代谢过程中，有利于种子发芽和作物生长。腐殖质有很强的吸水能力，包括有助于作物抗旱耐涝。
五、减少土壤污染：腐殖质可以吸收一些农药，有机质与重金属离子形成螯合物。易溶于水，可从土壤中排出，减少土壤重金属污染。