由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
根据前列腺炎的分型，药物治疗要点如下。
急性细菌性前列腺炎（Ⅰ型）
即刻静脉注射广谱抗菌药，迅速控制炎症，常用的抗菌药包括广谱青霉素、三代头孢菌素、氨基糖苷类或氟喹诺酮类。
在获得患者细菌培养结果后，再选择针对性更强的敏感抗菌药静脉注射治疗。
待发热症状改善后，可改为口服抗菌药治疗。
可以联合用药或交替用药，以防止耐药性。
抗菌药应遵医嘱使用，足量、足疗程，避免滥用。
慢性前列腺炎
Ⅱ型：慢性细菌性前列腺炎
根据细菌培养结果和药敏试验，选择敏感抗菌药控制炎症。常用的抗菌药包括左氧氟沙星、阿奇霉素、多西环素等。
口服α受体阻滞剂（如盐酸坦索罗辛、多沙唑嗪）6~12周，改善疼痛或排尿症状。治疗中应注意该类药物导致的眩晕和体位性低血压等不良反应。
非甾体类抗炎药（如塞来昔布）为经验性用药，有助于改善疼痛或不适症状。
伴有膀胱过度活动症表现且无尿路梗阻的患者，可使用M受体阻滞剂托特罗定或索利那新治疗，改善排尿症状。
Ⅲ型：慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合征
口服α受体阻滞剂（如盐酸坦索罗辛）6~12周，改善梗阻性排尿症状或疼痛症状。
植物药（如锯叶棕果实提取物）6~12周，改善疼痛及排尿症状。
伴有膀胱过度活动症表现且无尿路梗阻的患者，可使用M受体阻滞剂托特罗定或索利那新治疗，改善排尿症状。
抑郁、焦虑、慢性疲劳综合征等神经系统症状，可使用抗抑郁药（如氟西汀等）、抗焦虑药（如地西泮等）进行治疗。
非甾体类抗炎药，有助于改善疼痛或不适症状。
此外，在对Ⅲ型前列腺炎进一步分型后，治疗方案有所区别。
ⅢA型：是指炎症性慢性骨盆疼痛综合征，前列腺液/精液/前列腺按摩后尿液中镜检白细胞数量增加。可经验性口服氟喹诺酮类等抗菌药2~4周，如果症状减轻可继续使用，总疗程4~6周。如果经全疗程治疗仍失败，除非患者确有尿路感染，否则不应再使用抗菌药治疗。
ⅢB型：不推荐使用抗菌药治疗。
Ⅳ型：无症状性前列腺炎
一般无需治疗。
如果合并不育症或血清前列腺特异性抗原（PSA）升高，可参照Ⅲ型前列腺炎治疗方法。
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