根据实验室所处理对象的生物危害程度和采取的防护措施，生物安全实验室分为四级。第四级是安全防护要求最高的等级。
其中，微生物生物安全实验室可采用BSL-1、BSL-2、BSL-3、BSL-4表示相应级别的实验室；动物生物安全实验室可采用ABSL-1、ABSL-2、ABSL-3、ABSL-4表示相应级别的实验室。
第一级：1级实验室适合操作导致人或者动物致病性较低的微生物, 主要用于教学、研究，例如检测菌落总数、大肠杆菌等常规菌的实验室。
第二级：2级实验室用于操作对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在危险的致病因子。2级生物安全实验室不但要满足1级生物安全实验室的要求, 同时还应对进出实验室的要求进行规定, 实验室主入口的门应能自动关闭。同时在实验室的入口张贴相应的生物防护级别和生物危害警告标志。
并制定处理病原微生物暴露事故的制度及生物安全手册。在个人防护上, 工作人员应穿防护服, 在可能接触病原微生物时应佩戴手套, 操作完毕脱去手套时应洗手, 同时要对面部进行保护, 将可能被污染的废弃物与普通废弃物分开, 同时进行高压灭菌处理。
第三级：3级实验室的操作对象是通过直接接触或气溶胶使人传染上严重的甚至是致命疾病，或对动植物和环境具有高度危害的致病因子。3级生物安全实验室的安全及操作程序更加严格。实验室人员必须严格执行操作规范, 同时进行医学检查。3级生物安全实验室应与公共通道分离, 设置缓冲间。
第四级：4级实验室主要用于操作通过气溶胶进行传播或传播途径不明或未知的高度危险的致病因子。3级与4级生物安全实验室的操作对象的主要差别在于，3级生物安全实验室操作的致病因子是有有效的预防和治疗措施的，而4级的没有。
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