可以看一下B站up黝黑蜗壳老师的 73分钟看完柯南所有剧情！史上最全时间线整理！链接：网页链接。也可以参考百度百科，如下:
动画无
黑衣组织半个世纪前就开始策划某个大计划。
宫野厚司、宫野艾莲娜进入黑衣组织，参与APTX4869的研究，后“意外死亡”，留下女儿宫野明美与宫野志保。志保到美国留学，后回日本继续研发APTX4869，代号雪莉。
贝尔摩得杀害了一个一直在调查组织的FBI探员，并放火烧了他的家。探员年幼的女儿茱蒂·斯泰琳幸免于难，并被她父亲的同事保护起来，长大后加入FBI。茱蒂对贝尔摩得所说"A secret makes a woman woman”一直印象深刻。
莎朗·温亚德（即贝尔摩得）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习易容术并成为好友。
861-864 浅香杀害羽田浩司。组织称此事是朗姆搞砸了。
881-882 幼年新一与赤井一家相遇。赤井秀一与弟弟羽田秀吉、妹妹世良真纯同行，并说服母亲赤井玛丽，加入FBI调查父亲赤井务武死亡的真相。世良称新一为“魔法师”。
837
500
秀一和安室透、诸伏景光行动，景光卧底身份暴露，在赤井和安室面前自杀。
伊森·本堂卧底身份暴露，为掩护水无怜奈自杀
497
307-308
因安德雷·卡迈尔失误，秀一身份暴露逃出组织，宫野明美因此遭到组织猜忌。
龙舌兰找到板仓卓，命他开发一种系统软件，但遭拒。组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。
286-288
毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的FBI搜查官赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（被兰所救的杀人魔实为贝尔摩得假扮，“自杀”的杀人魔为贝尔摩得所杀）
- 莎朗假死，以女儿克丽丝的身份继续生活下去。
1、2、4
新一在与兰去游乐场玩时目睹了组织的地下交易，被琴酒、伏特加发现，强行灌药变小。新一将此事告知阿笠博士，后决定隐藏身份，化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎家，转入帝丹小学。
5
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号，并阻止了新干线爆炸。（对应动画被修改为与组织无关）
43
工藤优作、有希子夫妇得知柯南身份。
48-49
柯南意外短暂恢复。服部平次开始怀疑柯南身份。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被误杀，线索中断。
57-58
服部破解柯南身份，二人开始合作。
128-129
琴酒杀害明美。志保服药变小并逃离组织寄住博士家，化名灰原哀转入帝丹小学。
170-171
柯南解决医生新出智明的父亲被杀一案。
176-178 哀的身份被组织成员皮斯克发现，后被柯南所救。皮斯克因办事不力被boss命令枪杀。贝尔摩得息影并在日本定居。
-
茱蒂追查贝尔摩得来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
贝尔摩得制造车祸企图害死新出一家，但新出家被FBI暗中保护下来。贝尔摩得开始假冒新出医生的身份。
226-227
茱蒂与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到茱蒂、新出、秀一。哀感到车上有组织成员变得非常害怕，准备一死了之，被柯南救下。秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
詹姆斯·布莱克与柯南等人结识，后被秀一接走。詹姆斯也发现柯南不一般。
269-270
高木涉刑警提到与小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。秀一监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI。贝尔摩得发邮件给琴酒，提到了雪莉，并向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南不安。他基本肯定克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂是克丽丝。服部鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，但没有收获。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，且照片上的字迹和贝尔摩得的一模一样（后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入假新出的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩得的目标是哀）。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应是秀一和新出。
289-290
哀提到沼渊己一郎曾是组织成员。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从委托人的谈话中柯南了解到他就是龙舌兰接触的对象，但板仓已身亡。柯南获得板仓的日记，里面提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”。柯南试图冒充板仓与伏特加接头，但被琴酒识破而失败，险些被抓。
329-330
博士提到厚司是有名的疯狂科学家，而艾莲娜是英国留学生，组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩得的目标。秀一对着哀的照片说了一句“真是太像了”。
338-339
哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，秀一也跟踪而来。博士借茱蒂的车将哀送回家，并找新出给哀看病。贝尔摩德发现哀下落，并在博士家安了窃听器。
340-341
柯南找到明美所藏、艾莲娜留给哀的录音带，还没怎么听就交给哀。录音中提到了某件令哀震惊的事。
贝尔摩得找卡尔瓦多斯来帮忙策划行动。
343-344
茱蒂辞去教师职务。兰在茱蒂家意外发现镜后的照片。
345
贝尔摩得利用幽灵船活动邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩得引入陷阱，但贝尔摩得将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成新一赴会，而自己在有希子的帮助下化妆成哀试图和组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了哀。贝尔摩得不让卡尔瓦多斯向兰开枪，并称兰为“Angel”。卡尔瓦多斯自尽。贝尔摩得逃脱赤井的追捕，并向组织其他人隐瞒了柯南和哀的事。柯南听到了贝尔摩得给组织Boss发邮件时的按键音。
346-347
茱蒂设法瞒过了兰。哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出回归。
374-375
385-387
394-396
柯南在一系列案件中发现按键声的旋律为《七个孩子》，并推出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员基尔，之后与FBI阻止了组织暗杀土门康辉和小五郎的行动。水无重伤昏迷，被FBI控制在杯户中央医院。
429
本堂瑛祐转到兰的班上。
462-465
贝尔摩得去水无出事目击者家调查，引起柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时刻意把话题引向水无，并希望柯南等人前去调查，引起柯南的警觉。组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南得到一张瑛祐父亲的照片。瑛祐及水无的身份逐渐清晰。
491-492
495-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐——与水无长相完全相同的本堂瑛海，怀疑水无是藏起自己姐姐的坏人。
组织派楠田陆道混入杯户中央医院调查。水无承认为CIA卧底和瑛祐的姐姐瑛海，同为CIA的父亲也是CIA的卧底，并答应柯南、秀一的计划。楠田自尽，水无按计划回到组织，为取得组织信任“枪杀”秀一。
507-508
瑛祐得知柯南身份，之后留学美国。
509
水无急报组织派出了厉害的侦探波本。
510-511 冲矢昴在柯南的允许下住进新一家，但哀对冲矢产生对组织的反应。冲矢的推理能力很强，是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及秀一爱喝波本酒。
578-581
伤疤男再现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给小五郎。同时茱蒂在商场收到了“这里很危险，快逃”的提醒。琴酒等人赶到，伤疤男在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩得带来Boss的撤退命令。
646-647
自称侦探的世良真纯转到兰的班上，对新一的能力似乎很有兴趣。
648-650 柯南发现世良很像一个人，并觉得世良对自己很在意，但认为世良不是坏人。
651 茱蒂、卡迈尔感觉世良很像某个人；詹姆斯则一眼看出世良是女孩。
656-657
世良对哀表现出兴趣，并打听冲矢的情况。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后主动拜小五郎为师。
671-674
安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。事后贝尔摩得联络波本，认为波本已取得毛利一行人充分信任。似乎波本就是这三人其中之一。
冲矢的一句“不要露出那种表情”让哀相当在意。
675-676
世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤男的存在后对其相当关注。
哀想起冲矢的那句话和曾在组织卧底的诸星大（即秀一）的用语十分相似，之后哀对冲矢逐渐信任。
681-683 安室为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友。
684-685 哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密。
690-691
世良在新一家发现女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份。后根据柯南的叙述得知女性线索柯南为有希子所留。冲矢得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，内心独白“果然我是个坏孩子呢”。
699-700
哀为救步美三人而短暂恢复为志保，结果被世良、安室、冲矢得知志保将搭乘神秘列车。
701-704 组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室和伤疤赤井确认是波本。列车停靠后贝尔摩得发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室发现柯南使用麻醉针。贝尔摩得劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室救少年侦探团于险境，冲矢通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰回忆起似乎与世良见过，而且与涟漪有关。
731-732 宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩得假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760 世良有意让柯南看到自己与玛丽的合影。玛丽要求世良称其为“领域外的妹妹”，并破坏了柯南安装的窃听器。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783
波本在贝尔摩得的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和以脖颈处变声器伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
786-787 玛丽和冲矢都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，玛丽表示柯南未必符合她的期待。
792-793 哀透露朗姆为组织No.2，一只眼为义眼。
815 独眼的黑田兵卫调任至警视厅。
827-828 柯南推理世良或玛丽的本名可能为“Mary”。
844 柯南发现哀与玛丽长相相似。
850
861-864
866-867
哀提到羽田秀吉的义兄羽田浩司是APTX4869名单上一员。柯南和赤井推理认为浩司被朗姆嫌疑人浅香杀害。世良与玛丽都很关心浩司案件。
玛丽得知柯南使用变声器破案，世良称其为“妈妈”。
贝尔摩得与波本刺探疑似与浅香有关的歌词，但其与组织无关。
872 柯南得知贝尔摩得假扮榎本梓刺探情报，说明组织很重视羽田浩司案。
878-879 柯南回忆起曾见过赤井一家，意识到世良是在英国留学。
889-890 若狭留美转到帝丹小学担任班主任。
894-895 独眼的胁田兼则拜毛利小五郎为师。
896-897 若狭展现出格斗能力，被黑田和胁田注意。
909-910 黑田表现出对羽田浩司案的兴趣。若狭表现出一只眼视力有问题。
927-928 柯南服下解药参加修学旅行，被电视台拍到，盛传于网络。世良据此确定APTX4869有解药，并告知玛丽。
941-942
优作要求粉丝辟谣，平次称拍到的新一是冲田总司，平息了骚乱。
朗姆命令波本立刻提供工藤新一的情报。
优作和赤井秀一联合推断出组织的首领是乌丸莲耶。