新疆医科大学厚博学院为2003年5月6日获准成立，并根据2004年2月5日 教育部教发函[2004]13 号文件正式批准，由新疆医科大学举办的一所按新机制、新模式运作，充分依托、发挥新疆医科大学综合办学优势，中西医并重，具有浓郁地域特色的本、专科层次的综合性高等医学院校
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新疆医科大学是一所集医疗、卫生、药学教学和科研为一体的综合性医科大学，目前内设17所学院(中医学院、基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、成人教育学院、厚博学院、公共卫生学院、药学院、成教学院、护理学院、医学工程技术学院、国际医学教育学院、研究生院、语言学院)，2个部(人文社会科学部、体育教学部)，4个系(中医系、口腔系、针灸骨伤系、中药系)，5所附属医疗机构。
大学本部现有1个七年制临床医学专业，17个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向;拥有临床医学、药学、环境卫生等一级学科博士后流动站3个，博士学位点3个，二级学科硕士学位点35个 , 一级学科专业硕士学位点2个;设有8个自治区级研究所(中心)，5个自治区级重点学科，2个自治区级重点实验室，在全疆各地建有各类临床教学实习基地40余所。
新疆医科大学全面负责厚博学院的教学和管理，择优选派任课教师及管理人员。教师中绝大部分具有教授、副教授职称，可充分保证教学质量。新疆医科大学厚博学院依托新疆医科大学的学科优势，专业设置适应医学科学发展最新趋势，符合社会发展需要和人才市场需求。