鱼类的起源可以追溯到非常久远的时代，早在人类出现之前，海洋里就生活着各种鱼类。从生物进化的历程来看，鱼类的祖先可以追溯到文昌鱼，这是狭义上的观点。然而，更广泛的视角则将动物的进化过程视为从无脊椎动物到脊椎动物的演变，其中脊椎动物的分支依次为文昌鱼、鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类和人类。
鱼类的真正起源可以回溯到约4亿年前的奥陶纪，尽管早期的鱼类化石并不完整。直到志留纪晚期，我们才开始理解关于早期脊椎动物的详细关系。在泥盆纪，鱼类进入了繁盛期，这个时期也被誉为“鱼的时代”，因为当时的其他脊椎动物种类相对较少。到了新生代，鱼类的种类愈发丰富，成为脊椎动物中最大的类群，见证了鱼类历史上的全盛期。
通过对泥盆纪化石的研究，古代鱼类被分类为无颌类、盾皮类、软骨鱼类和硬骨鱼类四大类。无颌类被认为是最早的脊椎动物，而盾皮鱼类是最早的有颌类，软骨鱼类和硬骨鱼类被认为是由盾皮类的两个分支发展而来。其中，硬骨鱼类包括了古鳕类，它们是现代大多数硬骨鱼类的先驱。总鳍鱼类，特别是双鳍鱼和骨鳞鱼，被认为是两栖类的直接祖先。
拉蒂迈鱼，或矛尾鱼的发现，是鱼类进化历程中的重要突破。这种活化石揭示了鱼类从水中上陆并最终分化为两栖类和爬行类的历程。其中一支进化成陆地生物，另一支如空棘鱼类则保持了水生特性。矛尾鱼的存在为我们提供了宝贵的研究材料，帮助理解生物进化的复杂过程。
关于最低等的脊索动物，如海鞘和文昌鱼的祖先，由于缺乏化石记录，我们主要依赖比较解剖学和胚胎学的研究来推测其起源。总的来说，脊椎动物的进化可以分为水生鱼类、陆生两栖爬行类和高等陆生脊椎动物三个阶段，这是生物进化历程中的重要篇章。
由原始鱼到现代鱼的进化：按说每一种动物都有 它的祖先。鱼类的祖先是 文昌鱼，从狭意的角度上可以这么说。但是我们也可以饶有趣味地这么说：动物的进化是从无脊椎动物到脊椎动物，而脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼——鱼类——两栖类——爬行类——鸟类——哺乳类——人类。鱼的起源很早，在世界上还没有人类的时候，鱼类就生活在海洋里了。