根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为:(一)取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用”规定；在营业税阶段，出让方式取得土地可在土地增值税清算时扣除的是支付给政府、土地管理部门或受政府委托收取土地价款的单位的全部土地价款；那么，营改增后，在进行土地增值税清算时，对于出让方式下取得土地的成本如何确认；我们就此进行以下分析：
一、出让土地价款在确定计税依据时，成交价格不扣减增值税额
土地使用权出让是指国家以土地所有者的身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者，并由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为；土地使用权转让是指土地使用者将土地使用权再转让的行为，包括出售、交换和赠与。
根据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]
36号）中关于《销售服务、无形资产、不动产注释》的规定，转让土地使用权按照销售无形资产税目缴纳增值税；而对于土地所有者出让土地使用权属于附件三列明的免征增值税项目，同时《关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》（财税[2016]43号）规定“五、免征增值税的，确定计税依据时，成交价格、租金收入、转让房地产取得的收入不扣减增值税额”，因此受让方通过出让方式取得土地所支付的土地价款在确定计税依据时不扣减增值税额。
二、房地产业一般纳税人增值税计税销售额的确认
国家进行营改增的主要目的之一是减轻企业税负、完善税收制度。房地产业成本中土地成本占开发成本的比例很高，为不增加企业税收负担，国家对销售开发产品环节出台了差额征税的政策；财税[2016]
36号文中规定“房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额”。
文件规定房地产业增值税计税销售额是扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额，即实行差额计征增值税，其直接结果是降低了增值税的计税基础----计税销售额。
同时，上文规定是土地出让价款可全额抵减销售收入后计算增值税，即出让方式下并不是将土地价款纳入进项税抵扣范围。
三、出让方式下计入土地增值税的土地成本
财税[2016]43号规定“三、土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。”
房开企业通过土地所有者出让土地使用权方式取得土地的地价款属于免征增值税项目，其价款不扣减增值税额；财税[2016]
36号文规定的是按土地价款计算扣减销项税计税额，而不是将土地价款纳入进项税额抵扣。因此按地价款计算扣减的销项税额并不属于财税[2016]43号文规定的不计入土地增值税扣除项目的允许抵扣的增值税进项税额，不能对按地价款扣减的计税销售额对应的销项税额从土地成本中剔除。
因此，在国家税务总局未有新的文件出台前，计算土地增值税允许扣除的土地成本应按实际支付的价款计算，不应剔除抵减的计税销售额对应的销项税额。
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