细菌可产生内、外毒素及侵袭性酶，与细菌的致病性密切相关。细菌毒素可以区分为两种：放到菌体外的称为菌体外毒素；含在体内的，在菌体破坏后而放出的，称为菌体内毒素。
但是在菌体外毒素中，也有通过菌体的破坏而放出体外的，所以这种区分法并不是很严密的。菌体外毒素大多是蛋白质，其中有的起着酶的作用。白喉杆菌、破伤风杆菌、肉毒杆菌等的毒素均为菌体外毒素。
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内毒素不是蛋白质，因此非常耐热。在100℃的高温下加热1小时也不会被破坏，只有在160℃的温度下加热2到4个小时，或用强碱、强酸或强氧化剂加温煮沸30分钟才能破坏它的生物活性。
与外毒素不同之处在于：内毒素不能被稀甲醛溶液脱去毒性成为类毒素；把内毒素注射到机体内虽可产生一定量的特异免疫产物（称为抗体），但这种抗体抵消内毒素毒性的作用微弱。
内毒素血症是由于血中细菌或病灶内细菌释放出大量内毒素至血液，或输入大量内毒素污染的液体而引起的一种病理生理表现。内毒素血症分为内源性和外源性两大类。
外毒素的产生厌氧芽孢梭菌、A群溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、炭疽杆菌等均可产生外毒素；某些革兰阴性菌如霍乱弧菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等亦能产生外毒素。大多数外毒素在菌细胞内合成后分泌至胞外，且分泌机制相似。
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