锦衣卫中的“卫”是指“皇帝亲军”。在锦衣卫组织当中，皇帝为直接的管理者。而在组织之内，最高的领导为指挥使，是为三品官阶，佐官有同知、佥事、镇抚以及千户等，部属有将军、力士与校尉，并设经历司和镇抚司，在
朱棣成为皇帝时，又新设
北镇抚司，其任务是“专理诏狱”。 最高级至最低级说明锦衣卫的官阶是为：指挥使、千百户、总旗、小旗等十七个官职，其余的职位，史书上并没详细描述。 当中，经历司主管文书的出入，而镇抚司为其核心部份，职理狱讼，后分为南北司，北司理刑狱。当中，锦衣卫是无必要向皇帝直接表明案情，可以自以主张，并设有独立的法庭以及监狱，那就是说，锦衣卫和朝廷中的刑部都有公堂，有权拘留和进行对疑犯的审判，称之为“诏狱”或是“锦衣狱”，即为皇家监狱。 而在锦衣卫所处理的案件中，“三法司”，即刑部、
都察院与大理寺是无权干涉的。另外，若果有锦衣卫逝世，该位锦衣卫的亲属，如亲儿或是亲兄弟可成为其替补，无儿或兄弟则会于市上选择合条件的人作为代替，令锦衣卫中不会出现职位有空缺的情况。