根据上述职责，省林业厅设10个内设机构：
（一）办公室（政策法规处、行政审批办公室）。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担宣传、信息、安全、保密和信访工作；指导林业生态文明和生态文化建设相关工作；起草林业地方性法规规章草案，提出林业及其生态建设的政策建议；承担机关规范性文件的合法性审核工作；负责林业行政执法监督，承担行政复议和行政诉讼相关工作；承办林业行政许可相关工作。
（二）农村林业改革发展处。
承担林业改革和农村林业发展的有关工作；组织、指导、监督国家和省集体林权制度等重大林业改革意见的落实和农村林业发展、维护农民经营林业合法权益政策措施的落实；指导、监督全省农村林地林木承包经营、流转及林权管理，监督林权纠纷调处和林地承包合同纠纷仲裁。
（三）造林绿化管理处（省绿化委员会办公室）。
拟订全省植树造林规划并监督实施；承担以植树种草等生物措施防治水土流失和防沙治沙等荒漠化防治工作；指导各类公益林和商品林的培育；组织、指导全省林业有害生物防治、检疫和预测预报；指导国有林场（苗圃）基层林业站的建设和管理；承担省绿化委员会办公室日常工作；组织、指导、监督全民义务植树和部门绿化、城乡绿化工作。
（四）森林资源管理处。
承担全省森林资源管理工作，拟订森林资源保护管理利用及林业资源优化配置等有关政策并监督执行；组织全省森林资源调查、动态监测和统计；监督植树造林、封山育林的检查验收；审核并监督森林资源使用情况；组织编制森林采伐限额；监督林木、竹材的凭证采伐与运输及林区木材经营（加工）；指导林地、林权管理并承办依法应由国务院批准或应由省政府批准的林地征用、占用的申报审核工作；指导全省木竹检查机构的业务和规范化建设。
（五）野生动植物保护与自然保护区管理处。
贯彻实施国家陆生野生动植物资源保护与管理的政策、法规，拟订省级配套实施办法并监督执行；研究提出省级重点保护的陆生野生动物、植物名录的调整建议；组织指导全省陆生野生动植物的救护繁育、栖息地恢复发展；监督管理全省陆生野生动植物猎捕或采集、驯养繁殖或培植、经营利用及其专用标识、疫源疫病监测；负责组织、协调、指导和监督全省湿地保护工作；承担森林、湿地和陆生野生动物类型自然保护区、森林公园的建设管理工作；负责濒危物种进出口和重点保护的野生动物、珍稀物种、珍稀野生植物及其产品出口的申报工作；承担协调指导履行湿地保护等国际公约工作；负责全省猎枪弹具的管理工作。
（六）森林公安局（森林防火办公室）。
组织协调、指导监督全省森林防火工作，掌握全省森林火情，发布森林火灾信息；承担协调、指导驻皖武装森林警察部队和专业森林扑火队伍的日常工作；承办省森林防火指挥部办公室的日常工作；指导全省森林公安工作，管理森林公安队伍；协调、督促查处或办理重大森林案件。
（七）发展规划与资金管理处。
拟订林业及其生态建设的发展战略、中长期规划，研究提出林业发展的经济调节建议；编制和组织实施部门预算，编制林业及其生态建设年度计划；管理省级林业资金，监督全省林业资金的管理和使用；审核重点林业建设项目；组织、指导林业及其生态建设的生态补偿制度的实施；承担指导山区综合开发工作；承担林业重大自然灾害灾后恢复重建的组织、协调工作；组织开展全省林业行业统计，指导全省林业经济分析工作；监督省级国有林业资产以及厅机关、直属单位的资产。
（八）科学技术处。
组织拟订林业科技发展规划和林业技术标准，组织指导林业科学研究和林业科技体制改革、林业创新体系建设；组织指导林业科技成果的推广工作；承担林业标准化、林业技术监督和有关植物新品种保护、管理工作；指导基层林业科技推广机构的业务建设工作。
（九）国际合作与林业产业处。
承办林业及其生态建设国际合作与交流的有关工作；组织协调全省林业系统引进国外智力、技术、资金和林业国际合作项目等工作；拟订全省林业产业发展规划并监督实施；承担组织指导省级林业产业标准的拟订及林产品质量监督工作；监督、指导各产业对林业资源的开发利用工作。
（十）人事教育处。
承担机关和直属单位的机构编制、人事管理工作；拟订林业人才培训和职工教育发展规划并组织实施；指导林业专业技术人员的管理，承办指导林业队伍建设的有关工作。
离退休工作处 负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
省纪委（省监察厅）派驻省林业厅纪检组（监察室）按照《省纪委省委组织部 省编办 省监察厅关于对省纪委省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。
