一百零八粒，代表断除一百零八种烦恼，而证得一百零八种无量三昧。三昧即是心安住于一境的寂静状态而不散乱，也就是正定中的境界。百八三昧是指大乘菩萨所修的首楞严三昧，宝印三昧，妙月三昧，狮子游戏三昧，无住三昧，妙行三昧，观顶三昧，欢喜三昧，宝聚三昧，释名三昧，无去三昧，无憎爱三昧，净相三昧，灭相三昧等一百零八种三昧。
一百零八种烦恼即众生之烦恼种种，能生种种恶业。是由六根(眼耳鼻舌身意)各有苦、乐、舍三受，合为十八种：又六根各有好、恶、平三种，合为十八，总共为三十六种，配以过去、现在和未来合为一百零八种烦恼。
一百零八种烦恼又称一百零八种结业。也解释为三界之见惑有八十八使，即贪，嗔，痴，慢，疑，身见(执取五蕴根身)，边见(执取常断见)，邪见(谤无冈果，坏渚善果事)，见取见(执持成见，非果计果)，戒禁取见(执持不戒，非冈计因)，合称九十八随眠，再加上无惭，无愧，嫉，悭，悔，睡眠，掉举，昏沉，嗔忿，覆等十缠，便成一百零八种烦恼。
一百零八粒也可表示一百零八尊佛的功德，或表示本有的五十四个阶位和修证的五十四个阶位，当然还有其它含义。宋朝陈善在《扪虱新语》里记载：韩愈问大颠和尚的岁多数，大颠笑着提起念珠说：“昼夜一百八。”语含机锋。