同中国人一样，日本人的姓名结构也是“姓氏+名字”。在古代日本，姓氏只有贵族才可以拥有，普通平民百姓只有用以称呼的名字而无姓氏。
古代日本贵族的完整的姓名是由“氏、姓、苗字、名”组成，“氏、姓、苗字”都属于体现一定家族传承意义的姓氏，而“名”才是属于本人的名字。其中氏最早出现，姓在氏之后出现，苗字则出现最晚，但在历史发展中“氏、姓”逐渐不再被人们使用，而“苗字”则成为当今日本普遍使用的“姓氏”。
大约公元四世纪，日本列岛上的大和朝廷建立起了统一国家，那些受大和朝廷大王（即后世的天皇）赐名的贵族建立起来的血缘和政治集团，便是“氏”。简而言之，氏便是一个个贵族或部族的称号。氏来源不一，但主要是依据官职、居住地管辖地、宗教、技艺职业等，如掌管祭祀事务的忌部氏、掌管军事的物部氏、居住在出云国的称出云氏等。
还有从皇族分离出来的日本古代“四大氏”——源、平、藤（原）、橘。其中源氏最早出于平安初期，在公元814年，嵯峨天皇由于子嗣过多而将多位皇子、皇女从皇族降为臣籍，赐氏为“源”，对日本历史影响深远的源氏由此产生。“四大氏”之所以高贵，正是因为这四氏都是从皇族中分离出来的。
姓则是使氏更加次序化的一种政治制度。氏的首领是氏长，“姓”是大王（即天皇）依据不同氏族的实力、地位而赐予各氏长的一种称号。姓可以世袭，代表着氏的政治地位以及世袭官职，因而姓实际上具有爵位和官职的双重性质。日本“姓”制度最初确立于天武天皇制定“八色姓”制度，最高等级的姓赐予皇族，称为真人，以下各等级赐予各大贵族，依次为朝臣、宿祢、忌寸、道师、臣、连、稻直等，后来随时代需要也不断增加。
在“氏姓制度”之下的一段历史时期中，苗字尚未出现和普及，古代日本贵族的姓名结构主要是“氏+姓+名”，如藤原朝臣不比等，藤原乃氏，朝臣乃姓，不比等是他的名字。但在大化改新之后，奴隶制贵族政治瓦解，“氏、姓”逐渐失去了现实政治作用，被新出现的苗字所取代。但氏姓却始终存在于整个古代日本社会，作为一种荣誉显示着家族出身之高贵。
“苗字”是从“氏、姓”中分离出来的，苗字意为幼苗、分枝，就是从本家分出的支系。
有的苗字是直接从大氏分离出来的，例如藤原是一个大氏，有诸多分支，居住在近江国的藤原氏，便取"近江"与"藤原"的首字，称为"近藤"，住地伊势、远江、加贺的藤原氏就称为伊藤、远藤、加藤。
有的苗字则是伴随着武士阶层的兴起而出现。在平安时代末期，氏族瓦解衰落，地方的豪农势力增强，他们开垦新的土地并给这些土地命名，这种被命名的土地称为名田，名田拥有者称名主。这些豪农、名主形成了新兴的武士阶层，他们把名田冠在自己的名字之前，形成了具有姓氏意义的苗字。
从镰仓时代开始，由于武士阶层掌握了政权，苗字逐步成为代表武家身份的符号而被广泛使用，但苗字这种姓氏在起姓改姓上有很强的随意性。例如战国时代的丰臣秀吉、德川家康。丰臣秀吉出身卑微，幼年时都没有姓，跟随织田信长成为武士后才得以冠姓为木下滕吉郎，后又改为羽柴秀吉、丰臣秀吉。德川家康初姓松平，后奉敕改姓德川。木下、羽柴、丰臣、松平、德川都属于苗字。
值得注意的是，苗字虽然在武士阶层乃至其他阶层被广泛使用，但它在日本古人看来始终带有武士私称的性质，而氏与姓却是天皇赐予的。从镰仓时代直到明治时期，氏、姓和苗字的使用一直存在严格的区别，在诸多正式场合，仍需使用传统“氏、姓”。例如明治时期的政府公文上，大久保利通写为“藤原朝臣利通”、山县有朋写为“源氏有朋”，伊藤博文写为“越智氏博文”。
但无论是“氏、姓”还是“苗字”，这些姓氏在古代日本从来都是贵族阶层的特权，"名字带刀"只是贵族的荣誉，普通百姓从来不被允许拥有姓氏。直到近代明治维新，为了便利国家的户籍管理，才颁布《苗字必称令》，允许普通百姓拥有姓氏。
参考书目：
1、蔡凤林，论古代日本姓氏文化的特点；
2、邵加陵，日本人的姓名知识，商务印书馆，1981年；
3、冯玮，日本通史，上海社会科学出版社，2012年。
日本姓氏数目约十四万，一般由一至三个汉字所组成，类似于泉、佐藤、宇佐美等，少数也有四至五个汉字的，如长宗我部、勘解由小路等。
187年，为了征兵、征税、制作户籍等的需要，明治天皇颁布了《平民苗字容许令》，容许包括以前不准拥有姓氏的平民在内的所有日本人拥有姓氏。