这个问题没法比，二者感染都有轻重之分。
1、细菌：原核生物的一种，主要特点是没有核膜，其遗传物质分散在细胞质内一个相对固定的区域内，称为核区。细菌的外边包裹着一层细胞壁，一般为多糖聚合而成。病毒：构造很简单，外面是一层蛋白质，称为病毒外壳。蛋白质外壳内部包裹着病毒的遗传物质，可以是DNA，也可以是RNA。病毒自己不能完成新陈代谢，也不能完成繁殖，需要寄生在其它细胞内完成。
2、都是比较严重的，也没法比，乙肝、艾滋是病毒感染，严重吧。肺炎什么的，还有外伤等细菌感染也是经常死人的。
3、病毒和细菌有很强的专一性，病毒只能裂解掉几类细菌，对别的细菌是没用的。对人来说，只要是感染上，哪个也很厉害。
4、绝大部分的细菌和病毒是没有致病性的，或者说大部分细菌和病毒所存在的数量和形式是不致病的。如果你要比较致病性的细菌和病毒哪个更厉害，我更倾向于变异性更高的病毒。细菌都是有细胞结构的，再厉害的细菌，包括现在的超级细菌，都还是有抗生素能够控制的，当然像炭疽芽胞杆菌这种生化武器形成败血了估计也不行了。
5、不过话说回来，病毒要发挥作用必须要有细胞或者细菌作为宿主，没有宿主病毒很快就会完蛋。而芽胞杆菌的孢子可以在没有营养的环境里面长期休眠存在，还可以随风迁徙。