除了收复台湾，郑成功还曾想远征菲律宾。1565年，西班牙殖民统治菲律宾。1603年和1639年，西班牙殖民者二次屠杀在菲律宾的华侨华商，死亡人数达五万余众。
在得知菲律宾华侨的处境后，1657年，郑成功曾经致函给爪哇岛巴达维亚的一位华侨甲必丹，要求他停止与菲律宾的西班牙殖民者进行贸易往来。郑成功曾多次对菲律宾华侨表示关切，并提出要率兵攻取菲律宾，以惩罚西班牙人。
1662年，郑成功攻下台湾后，4月遣使天主教意大利籍神父李科罗到菲律宾向西班牙总督递交国书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正，俯首纳贡，但西班牙人反而因此在马尼拉进行了第三次对华侨的屠杀。
郑成功闻讯大怒，决定挥师征讨，为华侨报仇。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨，一方面组织筹备军队，派人暗中与在菲律宾的华侨联络，以便到时可里应外合，但尚未出兵，他得知儿子郑经在厦门跟奶妈陈氏通奸，郑成功勃然大怒，命部将郑泰杀郑经，郑泰因不忍而抗命。郑成功盛怒之下，又患疟疾，不久病逝。
后来，郑经也于1670年和1671年两次准备派舰队征讨马尼拉，但因为三藩之乱郑经率军西渡福建支援耿精忠而没出兵菲律宾
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