念珠是修行中非常重要的工具，但由于我们经常对之等闲视之，没有正确的使用方法，因此，将正确的使用念珠的方法正式开示，是非常必要的。有些人因为习惯，或者方便的缘故，经常用右手持念珠，但根据密续经典的开示，必须用左手来使用念珠。
在使用念珠之前，我们应该了解念珠的材质。根据莲花生大士的开示，如果我们有能力的话，最好使用钻石、红宝石、黄金等材料，这些都非常适合做为念珠的材质。如果我们能力有限，可以选择树木的种子，如菩提子，它不仅不贵，还有一定的价值。此外，还可以使用木头或药材捏成的圆形珠子。但塑胶材料因为太便宜，并不适合做为念珠的材质。另外，人的头盖骨或念珠做成骷髅头的样子，也不适合做为念珠使用。
仁波切强调，他刚才所讲的开示，都是源自莲花生大士的开示，因此，根据莲花生大士的开示，最好的念珠材质就是菩提子。
在使用念珠时，有些情况下不适合使用。首先，如果念珠是从破三昧耶戒或破上师戒律的人那里得到的，不适合使用。其次，如果念珠是偷来的，也不可以使用。第三，如果念珠是强求得到的，也不适合使用。此外，已经供养给诸佛菩萨的念珠，或者已经供在诸佛菩萨身上做为庄严的念珠，也不适合再拿来使用。如果念珠的大小不均匀，也不适合使用。最好是念珠尺寸平均，一样大小。如果新的念珠有一颗坏掉，应该拿另一颗好的来替代，然后把坏的去掉。
使用念珠时，不能将其放在地上，特别不能让小动物如猫、狗等跨过，被跨过的念珠不能再拿来使用。如果念珠被打过小动物，也不能再使用。
念珠的大小颗粒应该非常平均，戴起来大小舒适，这样在念诵时才会感到舒适。仁波切说，不需要使用很大的念珠，这是少林武僧才使用的念珠。但也不要选太小或串太紧的念珠，这样会让我们念诵非常的不方便。
念珠不能串得太松散，太松散的话，这样的修持会让我们产生障碍。念珠也不能串得太紧，无法持诵的话，会导致让我们有很多压力产生，同时让我们的修法没有办法完成。念珠也不能太长，戴在脖子上时，长到我们的膝盖，这样好像我们的装饰品一样，这样会让我们本尊的修法要用很长的时间才会完成。如果念珠太短，会导致我们的寿命减短。
加持念珠时，我们要观想右手掌有一个日轮，日轮上面有一个种子字“吽”。然后观想左手掌有月轮，月轮上有一个种子字“阿”。当你串念珠时，你的左手持着一颗一颗的念珠子，右手拿着念珠线，当你串着这念珠时，就要做这样的观想：这两手就观想是方便和智慧，一边串一边嘴念：“吽！吽！吽！”的声音，像刚刚仁波切的样子，千万不要一边看电视或一边唱歌在串念珠，这时候的观想是非常重要的！
穿念珠时为什么要念“吽”这个种子字呢？根据金刚密续的经典所述，“吽”是非常有力的，可以去除掉我们所有的污染；“吽”字是非常有力的，能够摧毁我们的烦恼；“吽”是非常有力的，可以摧毁我们轮回之钩。轮回就像钩一样使我们多生以来一直轮回不断，我们就好像上钩的鱼一样，只有鱼嘴上的钩断掉之后，我们才会自由，否则没有自由之日，必须借助这个“吽”字去除掉。这个“吽”字是非常重要的！
这个念珠串好之后，使用之前，首先我们一定要经过加持才能使用念珠。根据密续里面所讲的，珠头应该有三层：最上一层应该是蓝色的，中间一层是红色，最下一层是白色。蓝、红、白三个颜色是代表本尊的身、语、意，但现在一般我们已经没有这样严格的去串蓝、红、白三色，现在就只有一色，包括仁波切现在也是这样子。其实这是代表本尊的身、语、意，珠头的蓝、白、红三色；线的部分，它是代表本尊，如果我们这个念珠主要是持诵绿度母为主的话，线就代表绿度母，珠子就代表绿度母的眷属，所以当我们使用念珠的时候，我们不可以随便把它放在地上，我们也不可以把它放在口袋，因为你坐下来的时候，就变成你在加持你的本尊了！
现在教导如何加持念珠。大家现在可以看着仁波切示范手的姿势，首先我们念珠用右手举起，用左手掌接念珠，这个念珠要顺时针方向转，最后珠头要放在中间，这时候我们要观想左手有月轮，月轮上面有“阿”字，右手掌有日轮，日轮上有“吽”字，本着这样日、月轮“阿”和“吽”的观想，我们就要观想刹那间我们这个念珠和我们自身都得以清净，所有障碍都得以净除，因为念珠代表我们的本尊，而本尊是非常清净的！仁波切打个比方，比如你们以念诵绿度母为主话，观想它下面有莲花，莲花上面有日轮，日轮上面有月轮，月轮上面有本尊，要做这样的观想，同时观想这本尊身、语、意放射白、红、蓝三色的光，迎请真正的本尊降临到这个念珠里面，当这样放光迎请之后，真正的本尊进入这个念珠之后，这时候我们就要观想这一串念珠就是真正的绿度母本尊，在这里同时也要观想它是非常具有大威力的，当我们在念诵的时候，它具有很大的威力，这样的观想方式，不管我们念诵其他的本尊时，也是一样，能够成就这些本尊的功德事业。
我们一定要记得，当我们观想迎请这些智慧的本尊进入念珠，或者观想智慧本尊进入我们自身，我们自身观想为本尊，或这些念珠观想为本尊的时候，一般都会认为说这个本尊是我们迎请过来的。智慧尊进入念珠或进入自身，事实上最为殊胜的，尤其一定要提醒自己的，我们自己从无始以来就是智慧的本尊！虽然现在经由迎请进入念珠或进入自身，但是我们一定要从内心去了解，我们现在是由于无明的关系，没有办法真正了悟到我们自身从无始以来就是本尊。经由这样修持之后，在修法以后特别要了解：无始以来我们就是本尊！我们所用的念珠他本身也是本尊。一定要内心非常透澈了悟，只因为我们现在还在无明，一直会认为我迎请进来，其实是藉此这个方式来了悟，让内心真正悟到，看到自己的本尊。
一般念珠要加持的时候有一个祈请文，但是因为翻译来不及，所以今天先给大家这个咒语，首先你要先念诵第一个咒语七次，念完七次之后再念第二句的咒语，念第二句咒语的时候，一边念一边双手搓着这个念珠，念完之后你再吹气。念诵这些咒语加持念珠的功德，能让你每念一次就能变成十万次的倍数，所以这个是非常殊胜的！仁波切说，当然你不需要每天去念诵它，可以一个月一次或两次，因为可能在上座当中不小心把念珠弄脏了，或有小动物爬过去了，这个时候经由这个咒语念诵念珠，然后加持、清净这个念珠，此后，一个月一次或两次就可以了。
我们在使用念珠念诵的时候，怎样是正确的方法呢？第一个就是我们不可用右手来持诵念珠，当然也不可以趴着或睡着了，这样也不正确的。依照莲师所开示的分为四种，依照不同本尊来讲的话，你在念诵寂静尊本尊咒语的时候念珠要放在心轮的地方——心间；第二个我们修增益法本尊时候，你要将念珠放在肚脐——脐轮的地方，我们要将念珠放在密处；第三个念诵威势或怀柔本尊时候，第四个我们在念诵愤怒尊本尊或者诛法的本尊的时候，我们要把它放在膝盖上，这时都是左手持念珠。
拨念珠的珠子，也可以依不同本尊的来分。第一个，当你在念诵寂静尊本尊的时候，息法的本尊就是用大拇指和食子来拨这个珠子；第二个，当你念诵增益法的本尊的时候，用大拇指和中指来拨这个珠子；第三个，使用怀柔法本尊的时候，要使用大拇指和无名指来拨这个珠子；在使用诛法或愤怒尊本尊的时候，用大拇指还有小拇指来拨这个珠子，仁波切说其实修诛法本尊的时候，你用大拇指及小拇指在拨念珠其实是不太容易的，有个通则大拇指跟食指差不多大部分的法都可以念诵，你可以用这样的方法拨念珠来念诵，你也可以用双手这样来念也比较快，一定要确定说每念诵一句咒语只拨一颗珠，这样来念诵，不要一次十几、二十个这样大
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