港澳通行证应该在申请人的户籍所在地的公安局出入境管理部门办理。
办理港澳通行证的具体流程如下：首先，申请人需要携带本人身份证和户口簿到户籍所在地的公安局出入境管理部门提交申请。在提交申请时，需要填写相关的申请表格，并提交一张近期免冠彩色照片。其次，申请人需要缴纳相关的费用，费用标准因地区而异，具体费用可以咨询当地出入境管理部门。最后，申请人需要等待审核结果。如果申请审核通过，申请人可以前往指定的地点领取港澳通行证。
需要注意的是，不同地区的公安局出入境管理部门具体要求可能会有所不同，因此申请人在办理前最好先咨询当地的具体要求。此外，如果申请人需要加急办理港澳通行证，可以向当地出入境管理部门咨询加急办理的相关事宜。
总之，港澳通行证的办理需要申请人前往户籍所在地的公安局出入境管理部门提交申请，并携带相关证件和资料。申请人需要按照要求填写申请表格、缴纳费用，并等待审核结果。