中欧航空工程师学院的课程设置以工程专业为核心，工程师阶段的课程涵盖了广泛的理论与实践知识。学生将学习工程数学，深入理解固体力学和流体力学基础，包括空气动力学、飞行力学，以及工程热力学。此外，自动控制基础、算法编程与计算机科学、热力学、材料科学与强度、热传递等课程，为学生提供了扎实的科技基础。
在高级阶段，学生将深化对高等流体力学、电磁学、信号理论的理解，学习JAVA编程、滤波-电子学和机械工程，包括机体和喷气发动机选材的特殊考虑。此外，还有高等空气动力学、通信与数字电子学、数字信号处理等专业课程，以及结构振动和发动机与推进系统的技术内容。
当学生进入第六年时，学院提供三个专业方向供选择：