在日本军事史上，军部这一概念是由山县有朋所创，井上清的描述则为我们揭示了其复杂的组织结构：陆军省、海军省、参谋本部、军令部以及关东军等军事核心部门，共同构成了二战前日本军事体制的骨架。
明治维新后的日本，军部的形成并非一蹴而就。初期，军权虽从政，但军事指挥独立于政府之外的迹象已初露端倪。山县有朋等人学习普鲁士模式，于明治政府中设立直属于天皇的陆军参谋部，海军也相应建立军令机构，实现了军令与军政的分离。1889年的《大日本帝国宪法》进一步明确了这种权力划分，天皇虽总揽统帅权，但通过“帷幄上奏权”间接控制军令，而军政则归属内阁。然而，天皇虽理论上管辖军部，但在实际操作中，军部几乎不受约束，形成了所谓的“权力核心”，在表面上的天皇权威之下，实际运作却相当自由。
进入昭和时期，军部的权力格局更加复杂。军阀势力如“三羽乌”、“一夕会”以及“皇道派”、“统制派”等团体层出不穷，他们通过内部串联和操控军队高层职位，直接干预国政，形成了“下克上”的顽疾。在这一时期，能坐上陆相或参谋总长的位置，要么是天皇的亲信，要么就是昭和军阀的领袖，他们的存在决定了军部的实际掌控力。
日本军队内部，“军令”与“军政”的分离尤为显著。参谋本部作为最高指挥机构，主导军事行动，而陆军省则负责行政管理。然而，参谋总长与陆相之间的权力较量，往往取决于前任推荐的派系背景。这种传统使得重要职务的任职者往往共享相同的派系利益，形成紧密的内部联系。
在组织架构上，陆相的地位看似高于参谋总长，因为作为内阁成员，他们能参加关键决策会议并拥有人事任免权。实际上，军务局长的权力往往超过80%的陆相，尤其是像永田铁山这样的统制派领袖，凭借天皇的信任，能够直接影响到大规模的军官调动，甚至包括教育总监等关键职位。在“二二六”兵变中，天皇的支持再次彰显了军务局长权力的重量级。
总的来说，二战时期的日本军部是一个交织着权力、派系与天皇权威的复杂组织，其内部结构和运作模式对于理解日本近代史具有重要意义。然而，无论组织如何变迁，其核心始终围绕着天皇的统帅权和军部的实际影响力，这构成了日本军部独特的历史印记。