历史渊源不同：
闽北水仙，起源于福建建阳小湖乡，以乌龙茶的优质品种著称，生产历史已有百年，主要在建瓯和建阳两地。普洱茶则有着更为悠久的历史，源自东汉，历经唐宋兴盛于明清，尤其在云南西双版纳等地产出，因其集散地在普洱而得名，已有两千多年历史，被誉为“武侯遗种”。
制作工艺有异：
闽北水仙采用“开面”采法，一年四季分春、夏、秋、露四个阶段采摘，制作过程包括萎凋、播青、杀青、揉捻和烘焙等，每个环节精细考究。而普洱茶的加工则包括杀青、揉捻、干燥等基础步骤，随后根据后续工序分为熟茶和生茶，熟茶需要渥堆转熟，生茶则自然转化，时间越长，陈香越醇厚。
口感体验各异：
闽北水仙条索紧结，有兰花清香，滋味醇厚回甘，以“三红七青”为特点。普洱茶则因地域和陈化时间不同，口感丰富，如老班章刚猛，易武细腻，陈年普洱醇厚浓郁，有越陈越香的特性。
功效作用各有侧重：
闽北水仙茶以防辐射、利尿和降低胆固醇为主要功效，适合大众饮用。而普洱茶的功效更全面，现代研究显示其能减肥降脂、防治心血管疾病、抗衰老、抗菌消炎等，还对消化、新陈代谢和排毒有积极影响。