1、地理位置不同
方山校区位于南京市江宁区弘景大道3601号，莫愁校区位于南京市建邺区北圩路41号。
2、基础设施不同
莫愁校区：住宿状况4人一间，4张橱柜连体床，上边为床，下面衣柜右边为书桌，桌上有书架，可以摆电脑,有网线，是学校内网，由校网络中心控制，作息时间与上课时间统一断网，一般每天中午才连网，晚上11点断，周六日全天连网还蛮宽敞的，宿舍有电视一台，风扇2个，无空调，有阳台，无厕所，每层公共厕所。
方山校区是新校区靠近市中心，住宿情况4人一间，每间有空调、厕所，全校覆盖wifi。
3、学院的专业不同
莫愁校区主要是新闻传播学院，包括广播电视学、广播电视新闻学（新闻传播方向，中韩合作办学）、广播电视编导等专业。
方山校区主要是行知学院（本三）、教师教育学院、数学与信息技术学院、人文学院、音乐学院、美术学院、教科院（教育科学学院）、生物化工与环境工程学院。