我国保护民营企业合法权益的制度原因：《中共中央国务院关于促进民营经济发展壮大的意见》强调，要强化民营经济发展法治保障，健全对各类所有制经济平等保护的法治环境，为民营经济发展营造良好稳定的预期。
我国改革开放40多年的实践表明，以民营经济为代表的非公有制经济是社会主义市场经济的重要组成部分，民营经济是推进中国式现代化的生力军，是高质量发展的重要基础。贯彻落实党中央决策部署，有效促进民营经济发展壮大，从法律上来说，必须强化民营企业财产权的平等保护，并将平等保护贯穿立法、执法、司法各个环节。
促进社会主义市场经济的高质量发展，必须坚持“两个毫不动摇”，其核心是构建以平等保护为核心的产权保护制度体系，依法平等保护民营企业产权，保护民营企业家权益，促进民营经济做大做优做强，为全面建设社会主义现代化国家作出积极贡献。
保护民营企业合法权益的相关措施
一是市场准入。进一步推进“放管服”改革，减少审批事项，缩短审批程序的环节和时间。需要清理各项投资审批事项，为民营企业松绑减负，对禁止进入的清单需要不断“瘦身”，压缩民营企业市场准入的限制范围，破除民间资本进入重点领域以及大型工程建设等的隐形障碍，支持民营企业发展新业态新模式，鼓励商业模式创新。
二是经营保障。民营企业取得合法经营资格，其经营权也应当受到法律保障。负面清单管理模式可以有效规范政府权力，有助于明确划定政府干预民事活动的边界，从而在整体上降低经营主体的市场准入风险，并提高经营主体对经营活动的后果和效力的可预期性，对经营主体经营权的限制，必须有法律依据。
三是市场监管。负面清单管理模式要求行政机关审批的领域仅限于法律明确列举的事项，行政机关对市场准入的限制应公平合法、公开透明。政府的主要角色是营造和维护市场化、法治化的公平竞争和营商环境，而不是轻易干预和介入甚至替代企业的自主经营活动。进一步准确实施反垄断法，加强对行政垄断的规制，为民营企业创造良好的营商环境。