从1952年到1979年清华数学经历了一个特殊的发展时期。1952年全国高校进行了院系调整，清华大学数学系并入了北京大学数 学系及其它院校。由于工程教育的需要，清华大学设立了高等数学教研室，主要担负全校数学基础课的教学任务，当时教授只 留下赵访熊一人。1958年创建了国内第一个工科大学的计算数学专业，至1966年高等数学与计算数学两个教研组教职工总人数 达到了117人，教授有赵访熊、娈汝书、周华章。六十年代，赵访熊在计算数学方面的研究工作以及其他同志的研究工作在国 内也有一定影响。这期间良好的数学基础教学工作也为清华大学培养优秀科技人才发挥了很大的作用。
1979年清华大学数学系重建并更名为应用数学系，赵访熊出任系主任。从此清华数学又迎来了一个新的发展时期。当时的应用 数学系下设五个教研室：计算数学教研室、离散数学教研室、微分方程教研室、概率统计教研室和数学分析教研室。1986年又 增设运筹学教研室。1981年，在刚刚复建两年之后，清华大学应用数学系就凭着她的特色和实力获得了计算数学学科的博士点。 1984又获得了应用数学博士点。进入八十年代之后，清华大学应用数学系的数学研究工作全面展开。每年的科研项目都保持在 三十项左右。10年间在国内外学术刊物上发表论文400余篇，并有不少研究成果获奖。教师中有10余人先后担任国内一级学会 理事长、副理事长、理事等职务，其中萧树铁曾担任中国工业与应用数学学会第一届理事长。在应用微分方程的研究方面， 以萧树铁为首的课题组关于水渗流问题的研究在国内外处于领先地位，并有多项研究成果获国家和省部级奖。在计算数学研究 方面，有限元方法、数值代数、非线性方程组数值解法及科学计算软件、并行算法等均有重要成果，并有多项研究成果获国家 和部委科技进步奖，在国内处于领先水平。运筹学研究方面关于城市交通综合体系规划研究取得了多项突出成果，并获得国家 和北京市科技进步奖。
二十世纪90年代末，数学系又迎来了一个新的发展机遇。1999年系名更改为数学科学系，以更好的反映本系教学和研究对数学 科学的涵盖。近年来，学校加大了对数学学科发展的投入，大大改善了办公、教学、科研等硬件环境，良好的激励机制创造了 浓厚的学术氛围，而从海内外引进的各学科领域的优秀人才也为清华数学的发展注入了新的活力。目前，数学系已形成一支实 力雄厚、结构合理的教师队伍。全系教师共计81人，其中正教授37人（含博士生导师18人），副教授35人，讲师7人，助教2人。 教师中45岁以下者达46人（其中正教授13人，副教授24人，讲师、助教共9人），具有博士学位者达43人。13名年轻教授全都有 在国外著名大学和研究所从事研究工作之经历。他们当中有4人获国家杰出青年基金，2人获香港求是基金杰出青年学者奖，4人 获清华大学百人计划基金，1人获教育部跨世纪人才基金。全系有国家“973”重大基础研究项目正式成员14人（含子课题负责人2人）。 此外，清华数学系还是全国工科基础课数学教学基地。近年来，我系先后聘请了国际著名数学家、美国麻省理工学院林家翘教授， 哈佛大学丘成桐教授，加州大学伯克利分校陈省身教授为名誉教授。聘请了美国密执安州立大学李天岩教授和香港城市大学王世全 教授为客座教授。聘请了北京大学张恭庆院士，中国科学院研究生院陈希孺院士，中国科学院数学与系统科学研究院万哲先院士、 马志明院士和袁亚湘、韩继业研究员为兼职教授。
经过几代人的不断努力，清华数学系已成为国内几个最具实力的数学系之一。继1981年获得计算数学专业博士点，1984年获得 应用数学专业博士点，1998年获得基础数学专业博士点之后，2000年获得了数学一级学科博士学位授予权。在科学研究方面， 近五年全系已获得国家及省部级奖10余项，其中国家教育部科技进步一等奖1项，二等奖3项。另外在工科数学教材编写、教学 方法研究和教学手段现代化方面成果显著，获国家级优秀教学成果奖3项。近年来出版教材21部。2000年承担科研项目95项， 其中国家及国务院各部门项目62项。1999年清华大学数学系发表SCI收录论文48篇，总数在全国高等学校数学系中名列前茅。 在人才培养方面也取得长足进步，近五年已授予博士学位20人，授予硕士学位72人。2000年本科生也大幅度扩招，从原来每年 只招30名扩大到每年招收90名，这无疑是清华数学进一步发展的基础。
