医院由总部和老城区南院二部分组成，总占地130亩，其中新区部医用建筑面积3.5万余平方米。医院共设置一级临床科室20个，其中新区14个，老区6个，医技科室12个，开放病床500张。职工480人，其中省级名老中医1名，市级名中医2名，市级优秀中医1 名，硕士9人。医院形成了多个特色鲜明、疗效明显的专病专科，有急诊科、脑病一科（脑外）脑病二科（神经内）、心血管科、重症医学科、肾病科、外一科、外二科、肛肠科、骨伤科、肝脾胃病科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、针灸科、推拿科、康复科、麻醉科等一级临床科室，设有颈肩腰腿痛专科、糖尿病专科、乳腺病专科、口腔科、皮肤科、血液净化室等专科专病门诊和治疗中心。其中脑病科、颈肩腰腿痛专科已被安徽省中医药管理局批准为中医特色重点专科，脑病科已于2008年申报为国家级中医特色专科（专病）建设项目。肝病科、肛肠科，骨伤科等被亳州市卫生局批准为市重点中医特色专科（专病）建设单位。医院参与国家级临床试验基地糖尿病社区干预研究项目一项。医院注重传统预防保健业务，建有养生堂，以中医理论为指导，结合现代医学，融合现代科技，坚持“未病先防、既病早治、已病防变、瘥后防复”的原则，注重对生命全过程的健康监测评估教育指导，研究养生保健技术方法，开展治未病体质辨识，健康体检，非药物保健治疗，健康教育大讲堂等业务，根据不同体质辩证指导亚健康人群提高身心健康指数，防病于未然。不断提高养生服务的技术水平，发展我县“中医和道家养生”的特色的健康保健体系，同时重点继承和创新道家养生学术，对道家养生进行深入研究和开发，为我县打好老子品牌尽一份力量。医院积极探索新的条件下中医院的发展之路，不断完善医院的运行机制，加快数字化医院建设步伐，努力建设有利于发展的中医医院文化，不断深入挖掘、整理、发扬中医药的精粹，吸收有利于提高临床疗效、推动中医药事业发展的多学科成果，使医院步入了发展的快车道。 医院始终坚持“以人为本，科学发展，德术并重，质量争先”的办院方针，深入开展“以病人为中心，以发挥中医药特色优势为主题”的中医医院管理年活动，认真落实创名院、建名科、树名医“三名”工程，为把涡阳县中医院建成技术一流、服务一流、设备一流、管理一流、文化一流、环境一流现代化中医院，朝着安徽省示范中医院，皖北县级中医名院而努力奋斗！
