在唐朝的羁縻府州制度中，都护府是最高层次设置，其次为都督府。据《新唐书》、《旧唐书》记载，唐朝都护府分为大都护府、上都护府、下都护府。关于安东都护府的级别，史书中有不同的记载：从史书中关于安东都护府长官的记载看，绝大多数时期只见“安东都护”的任职者，不过至少开元十五年（727年）以后，安东都护府的级别应为大都护府。
关于都护府官职，根据《新唐书·百官四下》记载，大都护府的长官为大都护，其下为副大都护、副都护、长史、司马、录事参军、录事，以及功、仓、户、兵、法五曹参军事和参军事等官职。上都护府较之大都护府少了副大都护、法曹参军事、录事等官职。大都护府各级官员的官品自从二品到从九品；上都护府官员的官品自正三品到从八品。虽然都护府的级别有差别，但其职掌是相同的。《旧唐书·职官三》载：“都护之职，掌抚慰诸蕃，辑宁外寇，觇候奸谲，征讨携贰。长史、司马贰焉。诸曹，如州府之职。”《新唐书·百官四下》载：“都护掌统诸蕃，抚慰、征讨、叙功、罚过，总判府事。”为了加强对所辖地区的军事控制，唐朝在安东都护府之下设有怀远军、保定军和安东守捉，常驻军队为8500人，马700匹。
安东都护府（下属都督府及其以下的官员除外）的官员从都护到司马、录事参军，各级官员都是朝廷任命的汉官。首任都护薛仁贵在唐朝征讨高句丽的战争中，骁勇善战，勇冠三军，“身帅士，遇贼辄破”，“威震辽海”。“高丽既降，诏仁贵率兵二万人与刘仁轨于平壤留守，仍授右威卫大将军，封平阳郡公，兼检校安东都护。移理新城，抚恤孤老，有干能者，随才任使，忠孝节义，咸加旌表，高丽士众莫不欣然慕化。”朝廷以其率重兵二万，镇守安东，说明在安东都护府设置之初，具有较强的军事统治色彩。
薛仁贵之后，安东都护的继任者除颖王李云是亲王以外，其他诸位基本上都是武将出身，如高侃、薛讷、唐休景等皆为其军功佼佼者。显然，安东都护府的职能军事色彩比较浓重，这与安东都护府之下实行羁縻统治的方式有关。唐朝对羁縻府州的统辖，实行因俗而治的方针，“虽贡赋版籍，多不上户部，然声教所暨，皆边州都督、都护所领”。朝廷不直接管理羁縻府州内部的政务，重在维护王朝边疆统治秩序的稳定，令少数民族“畏威怀惠”，“翕然向化”。要达到固人心而维邦本的目的，以军事强力做保障是一个重要的方面。
安东都护府之下，9个都督府、42个州、100个县的各级地方政府官员，是“擢其（高句丽）酋渠有功者授都督、刺史及县令，与华人参理百姓”。各级地方官员既有亲唐的高句丽官，也有汉官，与驻守各地的唐朝军将共同统辖之。《旧唐书·职官二》曰：“羁縻州所补汉官，给以当土之物。”
安东都护府之下，羁縻府州的汉官的俸禄与一般府州的官员俸禄不同，以当地土产支付。高宗上元三年（即仪凤元年，676年），安东都护府迁到辽东郡故城后，“先有华人任官者，悉罢之”。这是指在羁縻府州任职的汉官，皆由高句丽人取而代之，即完全以高句丽官员管理本族百姓，这表明唐朝对安东都护府统辖政策发生了变化。
唐制，羁縻府州以少数民族任“都督、刺史，皆得世袭”。安东都护府之下羁縻府州的高句丽族官员，亦实行世袭制，《唐右武卫将军高府君墓志铭》曰：“公讳钦德，曾祖瑗，建安州都督。祖怀，袭爵建安州都督。以开元廿一年九月十有九日，终于柳城郡公舍。”高句丽人高钦德卒于唐玄宗开元二十一年，其曾祖高瑗可能是安东都护府建立初期，被任命的建安州都督，高瑗死后，由其子高怀袭任建安州都督。第一任安东都护薛仁贵在任期间，对“有干能者，随才任使”。说明安东都护府属下由高句丽人担任的都督、刺史、县令等各级官吏，不是由朝廷委任，而是由都护府任命。
