会扣除，根据监管要求，支付宝账户通过余额进行支付每自然年最高限额20万，超过限额后无法使用余额进行支付，需要下一自然年自动恢复额度。在使用时，只要通过余额进行支付的就会占用额度。
支付宝限额20万/年后，如果额度用完，可以使用快捷支付进行付款，或者也可以将资金直接通过银行卡转入余额宝，然后使用余额宝进行支付，余额宝转入过程如下（以电脑端为例）：
1、登录支付宝账户（ www.alipay.com） ， 在【我的支付宝】中点击余额宝下的【转入】
2、填写转入金额，并选择转入方式（电脑转入/手机转入），点击【下一步】，按提示操作即可。
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第1个回答 推荐于2017-12-16
支付宝余额转入余额宝会扣除支付额度的。本回答被网友采纳