行政性收费和政府性基金都是政府为提供特定社会公共产品和服务，参与国民收入分配和再分配的一种形式，是政府筹集资金的一种手段，是政府非税收入的重要组成部分。两者的主要区别:
1、 收取方式不同。政府性基金一般不与被征收主体发生直接管理或服务关系;而行政性收费与提供具体服务或行使管理职责相联系。
2、收入特性不同。政府性基金属于非补偿性的，是政府凭借行政权力强制地、无偿地征收，与具有特定目的的税收性质相同，是比较典型的“准税收”;而行政性收费除专项收费外，一般具有补偿性特点。
3、收入来源不同。政府性基金的征收渠道和形式较多，既有以税收、价格为载体征收，也有按销售(营业)收入、固定资产原值、工资或政府非税收入的一定比例收取。而行政性收费收入一般只能来源于被管理或服务对象。
4、资金规模和使用方式不同。政府性基金征收数额一般都比较大，具有专门用途，严格实行专款专用，不得挪作他用。行政性收费数额一般较小，用于相关管理或服务中的开支。
行政规费
行政规费是指政府机关为某些特定的单位和个人提供相应服务所收取的费用，如办理结婚证、护照等收取的工本费、手续费等。这些收费主要是配合国家对有关行为、活动的统计、管理，并适当弥补政府管理成本费用，不以增加政府收入为目的。
所谓行政规费，是指附属于政府部门各种行政活动的收费，包括外事规费(如护照费)、内务规费(如户籍规费)、经济规费(如商标登记费、商品检验费等)、教育规费(如学杂费、毕业证书费等)、其他行政规费(如会计师、律师、医师执照费等)。
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