如果R基是指氨基酸通式（α-氨基酸）中的那部分的话，是可以含有氨基和羧基的，借用一句话，“从理论上说R基是什么都可以的”，另外 “applejuiceq”和“一笔狼烟”对氨基酸的定义是“只要有一个氨基和一个羧基连在两个不同的碳上，就叫氨基酸”，这是化学角度对氨基酸的定义（事实上更正确的是“含有-NH2和-COOH的物质叫氨基酸”），而生物课本上的氨基酸通常是指α-氨基酸（即生物体中的氨基酸），此类氨基酸的-COOH和-NH2链接在同一个C原子上（该碳原子上还含有一个氢原子）
正是由于R基里可能含有氨基和羧基，因此举个例子，当2分子氨基酸脱水缩合成一条肽链时我们只能说这条肽链中最少含有一个氨基和羧基（我们不能确定R基里氨基和羧基的的数目），当然这样的说法对于更多的氨基酸分子脱水缩合成不止一条肽链的情况也是成立的。
再次补充（08-08-16/16:48）：组成蛋白质的氨基酸有二十种左右，由R基的不同来决定。 氨基酸不止二十种，但组成蛋白质的氨基酸只有二十种，全部都是α-氨基酸。
再次重复：生物课本中指的氨基酸指的是α-氨基酸，其中（α-氨基酸）的二十种能够组成蛋白质，还有β-氨基酸等等，只要满足化学中对氨基酸的定义的物质就是氨基酸。
举例（R基团中含有氨基或羧基的氨基酸）：
赖氨酸（R基团中含有氨基）：H2NCH2CH2CH2CH2CH(NH2)COOH （但愿看得懂吧，这也是赖氨酸的结构式）
谷氨酸（R基团中含有羧基）： H00CH2CH2CCH(NH2)COOH
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