董氏奇穴针灸学中包含了多个独特的穴位，每个穴位均具有显著的治疗效果。首先，外三关一穴位于外踝尖与膝盖外侧高骨直线上，主治扁桃腺炎、瘤、癌、喉炎、喉癌等，特别是对肺癌有奇效，以及腮腺炎、肩臂痛、红鼻子等。此外，青春痘和粉刺也可见效，瘰疬则有特效，使用三棱针点刺出血可显著缓解症状。
外三关二穴在踝尖与膝盖外侧连线中点，治疗范围相似。外三关三穴则位于二穴与膝盖外侧连线的中央，具有相同的主治功效。
双龙一穴位于膝眼下寸五分，胫骨外侧骨陷中，主要针对乳癌、乳瘤、乳腺炎和乳头炎。双龙二穴在第一穴下方六分，同样主治这些乳腺疾病。
双灵一穴位于掌面中指第一节与第二节之间，心脏、肺、肾等重要器官的神经分布区域，对肺癌、骨癌等严重疾病有特效，使用三棱针浅刺并挤出液体疗效显著。
双灵二穴位置类似，主治相同，且包含肝癌、肝硬化等肝脏疾病。木灵穴位于无名指第一节与第二节横纹中央偏外侧，主治肝病和神经系统疾病，如肝硬化、肝炎等。
妇科五穴之一穴位于手背大拇指第一节外侧，由掌指横纹向上每隔二分为一穴，主要治疗子宫癌、卵巢炎等妇科疾病。其余妇科五穴分别针对不同病症。
董氏奇穴针灸学是董氏先祖创立的独具特色的针灸体系，内容博大精深，包含针法甚广，诸如耳针、头皮针、手针、倒马针、放血疗法等，内容不但丰富异于传统，且治法简便而疗效显著，是台湾本土所独有的针法。