（一）办公室。
负责机关文电、会务、机要、档案、信息、信访、安全保密、政务公开、新闻宣传、绩效目标、社会治安综合治理、行政事务等制度建设、综合协调和督促检查工作。
（二）规划财务处。
拟订全省卫生事业发展规划和专项建设规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全省卫生资源配置，管理大型医用装备配置；提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策建议；组织拟订全省卫生装备管理办法和标准并组织实施；拟订药品和医疗器械采购相关规范；编报本部门预算、决算；负责厅机关和所属事业单位的财务会计制度建设、资金（资产）的监督管理与绩效评价工作以及内部审计工作。
（三）政策法规处。
负责综合性卫生政策研究；组织拟订全省卫生政策和标准；协调、组织和参与起草卫生地方性法规规章草案；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；承担有关卫生行政复议和行政应诉工作。
（四）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导、协调突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急工作；指导并组织开展急性传染病的防控和应急处置工作；协调对重大自然灾害等突发事件实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（五）疾病预防控制处（省爱国卫生运动委员会办公室）。
拟订全省重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；指导全省农村改水改厕的业务工作；承办省爱国卫生运动委员会办公室的具体工作。
（六）艾滋病防治工作处。
拟订全省防治艾滋病的规划和措施；组织协调和研究解决全省防治艾滋病工作中的重大问题和具体事务；负责艾滋病防治项目的组织实施和管理；承办省防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（七）农村卫生管理处。
承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全省农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；指导监督农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生处。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；组织实施妇幼卫生技术标准；对妇幼卫生保健工作进行管理与指导；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政处。
组织实施医疗机构、医务人员、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理工作。
（十）医疗服务监管处。
承担医疗机构医疗服务的监督管理工作，建立全省医疗机构医疗质量评价和监督体系；组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度；承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十一）食品安全综合协调与卫生监督处。
组织实施食品安全监管的法规规章和标准；承担安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的工作；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；承担重大食品安全信息管理工作；指导卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。
（十二）药物政策与基本药物制度处。
贯彻执行国家基本药物制度和国家药物政策,组织实施药品法典和国家基本药物目录；会同有关部门拟订我省国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施并组织实施；组织遴选我省增补国家基本药物目录品种；承担基本药物制度推广宣传教育工作。
（十三）科技教育处。
拟订全省医药卫生科技发展规划并组织实施；组织实施医药卫生科研攻关项目；指导医疗卫生技术推广和科学普及工作；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；参与拟订全省医学教育发展规划；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；组织开展继续医学教育和毕业后医学教育管理工作。
（十四）对外合作处。
承担组织指导卫生方面的国际交流合作与卫生援外等有关工作；承担与港澳台的卫生合作工作；负责机关和直属单位因公出国（境）人员的初审、报批等外事工作。
（十五）保健处（中共贵州省委保健委员会办公室）。
拟订全省干部医疗保健政策和工作规划并组织实施；承担省委保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；承担党和国家领导人及重要外宾来黔的医疗安排；承担重要会议和大型重要活动的医疗卫生保障工作；承担省委保健委员会的日常工作和中央保健委员会办公室、卫生部保健局交办的工作。
（十六）省中医药管理局。
贯彻实施促进中医药和民族医药事业发展的法律法规、方针政策和发展规划；监督管理中医医疗机构；贯彻执行中医医疗机构、人员、中医技术准入制度；规划、指导和协调中医医疗、科研机构的结构布局及其运行机制的改革；指导高等中医药临床教学、中医药师承教育、毕业后教育、继续教育和相关人才培训工作；组织拟订中医药和民族医药科学研究规划；组织协调中医药和民族医药基础研究及临床运用研究，指导中医药和民族医药技术开发及科技成果推广工作。
（十七）人事处。
负责机关的机构编制、人事管理、劳动工资等工作，并指导所属事业单位的上述工作；拟订全省卫生系统人才队伍建设规划，并会同有关部门指导实施；会同有关方面组织实施各类卫生专业技术人员资格标准；组织实施各类卫生专业技术人员专业技术职务资格考试和评审工作；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。
机关党委 负责厅机关和直属单位的党群工作。设置机关党委办公室。
离退休干部处 负责厅机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
纪检监察机构 省纪委派驻省卫生厅纪检组、省监察厅派驻省卫生厅监察室。行政编制4名。其中，纪检组长1名，纪检组副组长（监察室主任）1名。
