早在新石器时代就有人类在庆元境内繁衍生息。夏、商、西周（约公元前21世纪～公元前771年）庆元境域为越地（古代民族越族聚居地）。春秋（前770～前476）为吴、越东平乡。战国（前475～前221）后期（约前306）楚灭越，属楚国。秦（前221～前206）属闽中郡（郡治在今福州市）。
西汉（公元前206～公元22）惠帝三年（前192）立东瓯国（治所在今年内温州市），为东瓯国土。始元二年（前85）以东瓯地置回浦县（治所在今台州市椒江区章安镇，辖今台、温、丽三市区域），属扬州刺史部会稽郡（郡治在今江苏苏州市）。东汉（23～220）建武初（公元25年）省回浦入鄞县（属今宁波市）。章和元年（87）析回浦故地置章安县（治今台州椒江章安镇），属扬州刺史部会稽郡（治今绍兴市）。建安四年（199）分章安置松阳县，属扬州会稽郡；建安二十三年（218）分太末县南部置遂昌县，属扬州会稽郡。自三国～两晋～南北朝（220～581）历隋（581～618）至唐朝乾元二年，500多年间，松阳县先后隶属扬州临海郡、永嘉郡、处（括）州、江南道（或江南东道）括州；遂昌县先后隶属扬州东阳、括州、江南道（或江南东道）括州。
唐（618～907）乾元二年（759）析遂昌县、松阳县置龙泉县，庆元境域属浙江东道括州龙泉县，称松源乡。五代十国（907～760）后晋天福二年（937）闽国夺取吴越国龙泉县松源乡之半（今福建省松溪县溪东、渭田、旧县、河东、茶平、不含钱园桥行政村的松源镇及政和县的铁山乡锦屏行政村）建松源镇（治今松源县旧县村），属闽国。另半（今屏都、淤上、隆宫、安南、松源、四山、百山祖、合湖、贤良、五大堡、张村、举水、龙溪等乡镇）仍属吴越国处州龙泉县。北宋（960～1127）属两浙路（或两浙东路）处州龙泉县。
南宋（1127～1279）宁宗庆元三年（1197）析龙泉县松源乡益以延庆乡之半（今龙泉市小梅、查田、茶丰、青溪、四源及庆元县三济、黄真、黄田等地）置县，以宁宗年号“庆元”称名——为庆元县建制之始——属两浙东路处州。县治濛洲（今庆元县城松源镇）。
元（1271～1368）初庆元县属江淮行省（1284年改属浙江行省）处州路（1359年改为安南府，旋改处州府）。明（1368～1644）洪武三年（1370）撤庆元县置庆元巡检司，治查田（今属龙泉市）。洪武十三年复置庆元县，属浙江布政使司处州府。景泰三年（1452）青田县鸣鹤乡升天里一部分地域（今江根、竹坪、官塘、左溪、青竹、苏湖、岭头、南峰等乡村）划给庆元县，“延庆乡之半”地域中的小梅、查田、茶丰、青溪等地划归龙泉县。清（1644～1911）属浙江省处州府（辛亥革命时改为浙江军政府处州军政分府）。清嘉庆（1796～1820）年间，庆元县属的金村、下洋划归龙泉县。
民国（1912～1948）元年庆元县直属浙江省都督府。民国3年（1914）属浙江省长公署瓯海道（道尹驻今温州市）。16年（1927）废道，直属浙江省政府。21年（1932）6月属浙江省第十二县政督察区（同年10月改称第三临时特区，署址龙泉）。24年（1935）6月改属丽水行政督察区（25年4月改称第九行政督察区。37年4月改称第六行政督察区，署址丽水。同年7月改称第七行政督察区，署址云和县）。
1949年5月17日庆元和平解放，7月5日庆元县人民政府成立（县府驻地松源镇），属浙江省第七专区（同年10月改称丽水专区）。1952年1月～1963年4月撤销丽水专区，改属温州专区。1954年3月原属景宁县的吴坑乡划给庆元县（今属张村乡）。1957年5月原属龙泉县的龙岩村划给庆元县（今属百山祖）。1958年3月隆宫乡的张天村划给福建政和县。1958年11月庆元县并入龙泉县。1973年7月17日国务院批准恢复庆元县建制。1975年3月原属庆元县的四源乡划归龙泉县。1975年8月18日庆元县革命委员会挂牌办公（1981年7月县革命委员会改称县人民政府），属丽水地区。2000年撤销丽水地区，设立地级丽水市，庆元县属丽水市。
