1、头癣、手足癣、灰指甲
现代医学认为，皮肤癣、灰指甲是皮肤癣菌感染引起，而藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效。
可用藿香正气水涂擦患处，每日1-2次，有条件每日多擦几次。5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效。
2、疖
中医一般分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成；现代医学认为是葡萄球菌感染所致。
而藿香正气水中的紫苏等成分有抑制葡萄球菌的作用，此外，藿香芳香化湿，白芷发表、祛风、胜湿，能散郁除湿，治疗疖及疖病。可用棉签蘸藿香正气水，一日多次涂擦患部。
3、外痔
先将患处洗净，每次用藿香正气水2支加凉开水1000毫升，以药棉擦洗，每日2次。在炎症期发作时，有消炎止痛、促使萎缩之作用。
4、调整肠胃
藿香含挥发油，能促进胃液分泌，增强食欲和消化机能，并对胃肠有解痉、防腐作用，故有芳香健胃之功，而为本方主药。
紫苏、生姜、陈皮，均能使消化液分泌增加，抑制肠内异常发酵，促进积气排出，故可加强主药藿香行气健胃之力。
紫苏尚可增强胃肠蠕动；陈皮则可缓解胃肠平滑肌之痉挛；白术所含挥发油少量时亦能缓和胃肠蠕动；半夏则有较为明显的镇吐效能。
诸药配合，以纠正胃肠功能紊乱，有利于呕吐、腹泻等症状的缓解。
5、发汗、解热
藿香及生姜均具有促进发汗之功；紫苏有解热之效，合而能解表祛湿。
6、利尿作用
白术利尿作用较为明显；茯苓亦有一定利尿效果，合而又能利水渗湿。
7、祛痰止咳
桔梗所含皂甘，及陈皮所含挥发油，均有剌激性祛痰作用；半夏的镇咳作用明显；甘草则既能祛痰，又能镇咳；陈皮对气管及支气管有轻度扩张作用，而有助于平喘。诸药配合，有祛痰、止咳平喘之效。
8、水土不服
藿香正气水(液)具有解表化湿、理气和中的作用，可以缓解消化不良、呕吐、腹泻等胃肠道不适。
每次服10毫升，每天3次，能够缓解水土不服症状。
9、晕车晕船
可用医用棉签蘸取藿香正气水，直接外涂肚脐，或将药液敷于肚脐内，有一定的预防作用。
10、空调病
夏天冷风吹多了，会受寒感冒，或腹痛、腹泻。这些症状可内服藿香正气水（液）缓解。
11、女性白带过多
藿香正气水10毫升，每天3次，连服5—7天。
12、蚊虫叮咬
用适量的藿香正气水外搽患部3—5分钟，很快就能消除瘙痒。
13、湿疹和汗疹
用藿香正气水外涂皮损处，每天3—5次，连用3—5日
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