抚州市国家税务局为正县级机构，实行垂直管理的领导体制。市局机关内设12个行政科（室），下设3个直属事业单位，3个直属局。
办公室
制定机关和系统年度工作计划及长远发展规划，处理机关日常政务，起草、审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息和外事工作；负责税收宣传工作；制定办公规章制度；管理机关财务等行政事务；指导办公自动化工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
政策法规科
进行税政调查研究；研究税制改革和完善税收管理体制的有关政策；负责税收综合业务的协调和法律事务；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；负责重大税务案件审理工作；办理重大税务案件的处罚听证；办理行政复议、应诉和赔偿；会审税收规范性文件；负责税法普及宣传工作；负责税收执法责任制的推行工作。
流转税管理科
负责增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法规、规章并对执行情况进行监督检查；拟订有关流转税征收管理的具体实施办法；负责增值税防伪税控推广和管理工作，指导增值税、消费税、营业税、车辆购置税日常稽核和检查工作。
所得税管理科
负责企业所得税和居民储蓄存款利息所得税征收管理和税政业务；对有关税种具体问题进行解释和处理；负责拟订所得税征收管理的具体实施办法；指导企业所得税的日常检查；负责城市商业银行、城乡信用社财务管理工作。
征收管理科
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，研究制定综合性税收征管制度和办法；负责税务登记、征管质量考核、纳税申报、纳税评估管理及税收征管资料管理；负责个体工商户、集贸市场、农村税收征管；负责纳税服务、纳税信用等级管理；负责普通发票的使用管理；负责组织综合征管软件推广和应用工作；负责税务代理监管工作。
计划统计科
指导税款征收信息集中处理工作；编制、分配税收计划，组织并检查税款入库工作；制定税收计划和统计工作制度；负责税收会计核算；对税收数据进行统计和分析；负责税源调查和测算及重点税源管理，进行税收能力估算和税收宏观分析；负责税收票证的使用管理。
财务管理科
负责系统经费、财务、基本建设、物资装备和资产的管理及其有关管理制度的制定工作；组织内部财务审计、离任审计工作；负责机关和直属单位财务收支核算及管理；负责大宗物品政府采购工作。
人事科
负责研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、调配、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；负责任职培训的组织工作；负责对下一级领导班子和领导干部的监督检查工作；负责提出对拟离任领导干部的离任审计工作计划，确定审计内容，运用审计成果；办理出国、出境政审及相关工作；负责巡视工作的综合协调、政策研究、制度建设、文件起草、巡视组人员管理；研究、组织、协调本市的巡视工作；承办其它巡视事项。
离退休干部管理办公室（级别为副科级，挂靠人事科）
负责机关离退休干部管理和服务工作，指导本系统离退休干部管理和服务工作。
教育处
负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责干部学历教育、业务培训管理工作；指导本系统的工会、共青团、妇联工作。
培训中心（级别为副科级，挂靠教育科）
负责落实系统国税人员培训计划，组织实施全市国税系统正股级（含）及以下干部的任职培训、专门业务培训、更新知识培训及其它相关培训工作。
监察室
负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责系统纪律检查和行政监察工作；负责系统党风廉政建设和行业作风建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理的干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
国际税收进出口税收管理科
负责进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的年终清算工作；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查；负责国际税收协定执行、反避税、国际税务征管合作与交流、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责涉外税收法律法规的贯彻执行，并对执行情况和日常管理情况进行监督检查；负责处理系统外事管理事项。
机关党委办公室
负责市局机关和直属单位的党务、工会、青年、妇女工作；负责省局机关精神文明建设、工作秩序、目标管理考核工作。
稽查局
负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对重点税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。
直属税务分局
负责城区范围内大型企业及金融、保险、证券、铁路、电信、移动、联通、石油、烟草等企业的税务管理；负责城区范围内外商投资企业、外国企业的税务管理。
金巢经济开发区分局
负责金巢经济开发区范围内各种纳税人的税务管理。
信息中心
负责对信息数据的分析及管理；负责组织信息系统建设，执行信息系统管理制度和技术标准；构建和管理计算机网络；维护网络安全；管理和维护信息设备、软件和综合数据库；负责“金税工程”的网络畅通、数据管理和技术工作；参与组织应用软件的开发、推广及技术培训工作；协助税控器具的鉴定和推广工作。
机关服务中心
负责拟定后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责机关后勤服务的组织管理和接待工作；负责机关办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责房产管理、职工医疗保健等工作；负责社会治安综合工作；负责对省直经营单位的管理工作。
票证中心
负责增值税专用发票使用计划的制定、上报、保管、系统内的调拨、核算及其它日常管理工作；负责“金税工程”报税、认证系统管理和稽核系统发票稽核工作；负责普通发票的印制、保管、系统内调拨、核算及其它管理工作。
