法律分析：公积金贷款还清，房屋他项权证件归当地房产管理部门持有。根据我国相关法律规定，以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原房屋所有权证上作他项权利记载后，由抵押人收执，并向抵押权人颁发房屋他项权证。第一款抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。
法律依据：《城市房地产抵押管理办法》第三十四条 以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。第三十五条 抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。