主要的区别在于：基本条件不同、技术力量不同、技术水平和技术装备不同等。
1、基本条件不同：甲级从事工程咨询业务不少于5年，申请专业的服务范围相应咨询成果均不少于5项，无不良记录；乙级从事工程咨询业务不少于3年，申请专业的服务范围相应咨询成果均不少于5项，无不良记录；丙级没有要求规定。
2、技术力量不同：甲级要求专职从事工程咨询业务的技术人员不得少于60人，其中具有高级专业技术、经济职称的人员不得少于30%；乙级专职从事工程咨询业务的技术人员不得少于30人，其中具有高级专业技术、经济职称的人员不得少于30%；丙级要求专业技术人员不得少于15人，其中具有高级专业技术、经济职称的人员不得少于30%。
3、技术水平和技术装备不同：甲级要求掌握现代工程技术和项目管理方法，技术装备先进，具有较完整的专业技术资料积累；乙级要求直接从事业务的专业技术人员人均配备计算机不少于1台，全部运用计算机完成工程咨询成果文件编制；丙级要求主要技术负责人应具有中级以上专业技术职称或具有注册咨询工程师（投资）执业资格。
参考资料来源：百度百科-工程咨询单位资格认定办法
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